<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Hi Jhanvi,<div><br></div><div>&nbsp; I made another virus morph movie, this time showing proteins as surfaces instead of ribbons using the command “sym #2 surf true res 3”.</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/data/p22morph/p22surf.mp4">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/data/p22morph/p22surf.mp4</a></div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/data/p22morph/p22surf.cmd">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/data/p22morph/p22surf.cmd</a></div><div><br></div><div>You need tomorrow’s Chimera daily build or release candidate (dated Nov 5, 2014 or later) to run this script since there was a Chimera bug that I fixed that caused repeated use of the sym command to consume all your memory.</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div><br></div><div><br></div><div><div><div>On Nov 3, 2014, at 5:52 PM, Tom Goddard wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Hi Jhanvi,<div><br></div><div>&nbsp; The idea is to morph the asymmetric units then copy the morph coordinates at each frame to the 59 other asymmetric units that make up the virus capsid. &nbsp;This uses commands sym (make asym unit copies), morph (compute the morph), coordset (play the morph), mcopy (copy coordinates), perframe (copy for each frame of morph), movie (record the movie). &nbsp;Here’s a movie showing P22 2xyy morphing to 2xyz and the script used to record it.</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/data/p22morph/p22morph.mp4">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/data/p22morph/p22morph.mp4</a></div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/data/p22morph/p22morph.cmd">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/data/p22morph/p22morph.cmd</a></div><div><br></div><div>This used about 2.5 Gbytes of memory and about 20 minutes to render. &nbsp;You should use 64-bit Chimera to handle such big models. &nbsp;This example gives a poor result — ribbons show too much detail to see anything, coloring is atrocious. &nbsp;I tweaked the movie above putting a back clip plane to hide the back half of the virus. &nbsp;Normally I don’t do the full movie record in one command script. &nbsp;Instead I set of the scene, morphs, colors, molecule styles, clipping all using the normal Chimera user interface, then just do the movie record part with a script. &nbsp;I also save a session containing the setup scene in case I want to revise the movie later. &nbsp;It will be a big session file in this case because it contains the full virus capsid and large morph trajectory.</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div><br></div><div><br></div><div><div># Open P22 virus asymmetric unit</div><div>open 2xyy</div><div><br></div><div># Create full capsid</div><div>sym #0</div><div><br></div><div># Zoom to show full capsid</div><div>windowsize 800 800</div><div>focus</div><div><br></div><div># Open second state of P22.</div><div>open 2xyz</div><div><br></div><div># Compute morph from first state to second</div><div>morph start #0 frames 120</div><div>morph interpolate #2</div><div>morph movie</div><div><br></div><div># Undisplay the asymmetric units</div><div>~modeldisp #0,2</div><div><br></div><div># Color chains</div><div>rainbow chain</div><div><br></div><div># Record movie playing morph of asym unit and copying coordinates to full capsid.</div><div>movie record supersample 3</div><div>coord #3 1,120 ; perframe "mcopy #3 #1 settings x" frames 120</div><div>wait 120</div><div>movie encode ~/Desktop/p22morph.mp4 quality higher</div><div><br></div></div><div><br></div><div><br></div><div><br><div><div>On Nov 2, 2014, at 11:22 AM, Jhanvi Sharma &nbsp;wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div dir="ltr">Dear all,<div><br></div><div>I have just started using chimera. I am trying to make a movie for P22 Virus capsid expansion.&nbsp;</div><div>I have made the movie for asymmetric unit morph changes using the 2XYY and 2XYZ pdb IDs. However, I am unable to do it on whole P22 capsid model.</div><div>Kindly suggest the protocol I should use to get the desired result. I have seen many such movies in the articles. I am trying to achieve the same. For movie reference I am sending the link for article.&nbsp;</div><div><br></div><div><a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1047847705002686">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1047847705002686</a>.<br></div><div><br></div><div>I will appreciate your help.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Best regards,</div><div>Jhanvi Sharma</div></div>
_______________________________________________<br></blockquote></div></div></div></blockquote></div><br></div></body></html>