<div dir="ltr"><div><div><div>Thank you very much Elaine.<br><br></div>The authors of the paper have deposited the normalised/filtered maps. So Vop command was helpful.<br><br></div>Cheers,<br></div>Neha<br><div><div><br><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 28 October 2014 00:33, Elaine Meng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Dr. Gandhi,<br>
The description in the paper  &lt;<a href="http://www.nature.com/nature/journal/v504/n7478/full/nature12823.html" target="_blank">http://www.nature.com/nature/journal/v504/n7478/full/nature12823.html</a>&gt; of this figure mentions filtering/normalizing with MAPMAN and subtracting the density map of the apo-protein from the density map of the liganded protein using another program (not Chimera).  Maybe the available maps already include this filtering/normalization, but I don&#39;t know for certain.  If they do, and those two maps are available, you could do the subtraction in Chimera with the &quot;vop&quot; command. Vop also has several filtering options, but they are probably different than what is in MAPMAN:<br>
<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html</a>&gt;<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Oct 27, 2014, at 2:39 AM, Neha Gandhi &lt;<a href="mailto:n.gandhiau@gmail.com">n.gandhiau@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; Dear Support,<br>
&gt; I have downloaded pdb file 3j5r and also downloaded corresponding electron density map from EMD (<a href="http://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/EMD-5777" target="_blank">http://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/EMD-5777</a>). The microscopy structure was done in presence of the ligand and the original paper reports electron density for the ligand (Extended figure 7 - <a href="http://www.nature.com/nature/journal/v504/n7478/fig_tab/nature12823_SF7.html" target="_blank">http://www.nature.com/nature/journal/v504/n7478/fig_tab/nature12823_SF7.html</a>). However,  the authors couldn&#39;t model the orientation of ligand in the binding site.<br>
&gt;<br>
&gt; I have docked the ligand in the binding site and I am trying to visualize if the docked ligand fits well in the electron density or not. Is there a way to visualise the electron density only for the ligand in UCSF chimera as reported in the above nature paper?<br>
&gt; Thank you for kind attention,<br>
&gt; Awaiting your reply,<br>
&gt; Regards,<br>
&gt; Dr. Neha S. Gandhi,<br>
&gt; Curtin Research Fellow,<br>
&gt; School of Biomedical Sciences,<br>
&gt; Curtin University,<br>
&gt; Perth GPO U1987<br>
&gt; Australia<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Regards,<br><span style="color:rgb(51,51,51)">Dr. Neha S. Gandhi,<br>Curtin Research Fellow,<br>School of Biomedical Sciences,<br>Curtin University,<br>
Perth GPO U1987<br>Australia</span><br><a>LinkedIn</a><br><a>Research Gate</a><br><div style="padding:0px;margin-left:0px;margin-top:0px;overflow:hidden;word-wrap:break-word;color:black;font-size:10px;text-align:left;line-height:130%"></div>
</div>