<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">openModels.list doesn't necessarily return the currently open models in any particular order. &nbsp;The if/else part of the code is testing whether the first model in the model list has model ID 0. &nbsp;If it does then it assigns the first model to m0 and the second model to m1. &nbsp;Otherwise, it makes the reverse assignment -- so m0 will always contain model 0 (the code assumes there are only two models open).<div><br></div><div>As per the example in that mail, chain A of model 0 had been superimposed on chain B of model 1. &nbsp;That's why the "chains" were set to "[m0.sequence('A'), m1.sequence('B')]" for handing off to makeAlignment -- those were the chains desired in the alignment. &nbsp;Are you saying you don't know which chain from each PDB file to use? &nbsp;How do you know which to superimpose then?</div><div><br></div><div>--Eric</div><div><br><div><div>On Oct 27, 2014, at 4:05 PM, Sanjeev Sariya &lt;<a href="mailto:s.sariya_work@ymail.com">s.sariya_work@ymail.com</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="background-color: rgb(255, 255, 255); font-family: HelveticaNeue-Light, 'Helvetica Neue Light', 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; font-size: 16px; ">Thank you Eric for the URL.<br><div id="yui_3_16_0_1_1414450966767_2627" dir="ltr"><span id="yui_3_16_0_1_1414450966767_2622"></span>Could you please help me understand what is going on here?<br></div><pre id="yui_3_16_0_1_1414450966767_2626" style="" class="">from chimera import openModels, Molecule # import
<br>models = openModels.list(modelTypes=[Molecule]) # array for model- different PDBs
<br>if models[0].id == 0: # what does this do?
        m0, m1 = models
<br>else: # 
        m1, m0 = models # why interchanged the m1, mo?
chains = [m0.sequence('A'), m1.sequence('B')] # how do I know how many chains are present in PDB file?<br><br><br><br><br></pre><div class="qtdSeparateBR"><br><br></div><div style="display: block;" class="yahoo_quoted"> <div style="font-family: HelveticaNeue-Light, Helvetica Neue Light, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif; font-size: 16px;"> <div style="font-family: HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif; font-size: 16px;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial" size="2"> On Monday, October 27, 2014 6:35 PM, Eric Pettersen &lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt; wrote:<br> </font> </div>  <br><br> <div class="y_msg_container"><div id="yiv0173335957">Hi Sanjeev,<div><span class="yiv0173335957Apple-tab-span" style="white-space:pre;">        </span>Take a look at this chimera-users message: &nbsp;<a rel="nofollow" shape="rect" target="_blank" href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2014-May/009904.html">[Chimera-users] easy way to make alignments in chimera</a>&nbsp;. &nbsp;I think it answers most of your questions. &nbsp;The only change you would need to make is that where it uses "saveStockholm" you would instead use "saveFASTA".</div><div><br clear="none"></div><div>--Eric</div><div><div><br clear="none">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;Eric Pettersen<br clear="none">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;UCSF Computer Graphics Lab<br clear="none">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<a rel="nofollow" shape="rect" target="_blank" href="http://www.cgl.ucsf.edu/">http://www.cgl.ucsf.edu</a><br clear="none"><br clear="none"></div><div><div class="yiv0173335957yqt7007642041" id="yiv0173335957yqt28210"><div>On Oct 27, 2014, at 2:25 PM, Sanjeev Sariya &lt;<a rel="nofollow" shape="rect" ymailto="mailto:s.sariya_work@ymail.com" target="_blank" href="mailto:s.sariya_work@ymail.com">s.sariya_work@ymail.com</a>&gt; wrote:</div><br class="yiv0173335957Apple-interchange-newline" clear="none"><blockquote type="cite"><div><div style="background-color:rgb(255, 255, 255);font-family:HelveticaNeue-Light, 'Helvetica Neue Light', 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif;font-size:16px;"><div id="yiv0173335957"><div id="yiv0173335957yui_3_16_0_1_1414444909641_2572"><div id="yiv0173335957yui_3_16_0_1_1414444909641_2571" style="background-color:rgb(255, 255, 255);font-family:HelveticaNeue-Light, 'Helvetica Neue Light', 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif;font-size:16px;"><div id="yiv0173335957"><div id="yiv0173335957yui_3_16_0_1_1414437427591_23567"><div id="yiv0173335957yui_3_16_0_1_1414437427591_23566" style="background-color:rgb(255, 255, 255);font-family:HelveticaNeue-Light, 'Helvetica Neue Light', 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif;font-size:16px;">Hi Chimera Developers,<br clear="none"><div dir="ltr" id="yiv0173335957yui_3_16_0_1_1414437427591_7563"><span id="yiv0173335957yui_3_16_0_1_1414437427591_16595"><br clear="none"></span></div><div dir="ltr" id="yiv0173335957yui_3_16_0_1_1414437427591_16594"><span id="yiv0173335957yui_3_16_0_1_1414437427591_16593">I've used chimera mostly by GUI inerface [click]. <br clear="none"></span></div><div dir="ltr" id="yiv0173335957yui_3_16_0_1_1414437427591_23627"><div id="yiv0173335957yui_3_16_0_1_1414444909641_2639">How do I get the match-align work from command line in a python script?</div><div dir="ltr" id="yiv0173335957yui_3_16_0_1_1414444909641_2671">I read a good description at:<br clear="none"></div><div dir="ltr" id="yiv0173335957yui_3_16_0_1_1414444909641_2643"><a rel="nofollow" shape="rect" id="yiv0173335957yui_3_16_0_1_1414444909641_2642" target="_blank" href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2012-September/007934.html">http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2012-September/007934.html</a></div><div dir="ltr" id="yiv0173335957yui_3_16_0_1_1414444909641_2680"><br clear="none"></div><div dir="ltr" id="yiv0173335957yui_3_16_0_1_1414444909641_2681">work flow of the script is:</div><div dir="ltr" id="yiv0173335957yui_3_16_0_1_1414444909641_2682">take in 2 pdb files and match-&gt;align them.</div><div dir="ltr" id="yiv0173335957yui_3_16_0_1_1414444909641_2690"><br clear="none"></div><div dir="ltr" id="yiv0173335957yui_3_16_0_1_1414444909641_2687">I think, I will have to open them before running&nbsp; 'mols = openModels.list(modelTypes=[Molecule])'&nbsp; ?<br clear="none"></div><div dir="ltr" id="yiv0173335957yui_3_16_0_1_1414444909641_2688"><br clear="none"></div><div dir="ltr" id="yiv0173335957yui_3_16_0_1_1414444909641_2689">How do I get the output saved in a FASTA file without MAV interface?<br clear="none"></div><div class="yiv0173335957" dir="ltr" id="yiv0173335957yui_3_16_0_1_1414444909641_2670" style=""><br class="yiv0173335957" style="" clear="none"></div></div><span></span><div id="yiv0173335957yui_3_16_0_1_1414437427591_7564">&nbsp;</div><br clear="none"></div></div></div></div></div></div></div></div>_______________________________________________<br clear="none">Chimera-users mailing list<br clear="none"><a rel="nofollow" shape="rect" ymailto="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank" href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br clear="none"><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br clear="none"></blockquote></div></div><br clear="none"></div><br clear="none"><br clear="none"></div><br><br></div>  </div> </div>  </div> </div></blockquote></div><br></div></body></html>