<div dir="ltr"><div><div>Dear Support,<br><br></div>I have downloaded pdb file 3j5r and also downloaded corresponding electron density map from EMD (<a href="http://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/EMD-5777">http://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/EMD-5777</a>). The microscopy structure was done in presence of the ligand and the original paper reports electron density for the ligand (Extended figure 7 - <a href="http://www.nature.com/nature/journal/v504/n7478/fig_tab/nature12823_SF7.html">http://www.nature.com/nature/journal/v504/n7478/fig_tab/nature12823_SF7.html</a>). However,  the authors couldn&#39;t model the orientation of ligand in the binding site. <br><br></div>I have docked the ligand in the binding site and I am trying to visualize if the docked ligand fits well in the electron density or not. Is there a way to visualise the electron density only for the ligand in UCSF chimera as reported in the above nature paper?<br><div><div><br clear="all"><div><br></div><div>Thank you for kind attention,<br><br></div><div>Awaiting your reply,<br></div><div><br>Regards,<br><span style="color:rgb(51,51,51)">Dr. Neha S. Gandhi,<br>Curtin Research Fellow,<br>School of Biomedical Sciences,<br>Curtin University,<br>
Perth GPO U1987<br>Australia</span><br><a>LinkedIn</a><br><a>Research Gate</a><br><div style="padding:0px;margin-left:0px;margin-top:0px;overflow:hidden;word-wrap:break-word;color:black;font-size:10px;text-align:left;line-height:130%"></div>
</div></div></div></div>