<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:HelveticaNeue-Light, Helvetica Neue Light, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:16px"><div dir="ltr"><span>Thank you Elaine for the help.</span></div><div id="yui_3_16_0_1_1414412085554_7372">&nbsp;</div><div id="yui_3_16_0_1_1414412085554_7338" class="signature"><br></div> <div class="qtdSeparateBR"><br><br></div><div style="display: block;" class="yahoo_quoted"> <div style="font-family: HelveticaNeue-Light, Helvetica Neue Light, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif; font-size: 16px;"> <div style="font-family: HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif; font-size: 16px;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial" size="2"> On Tuesday, September 23, 2014 7:19 PM, Elaine Meng &lt;meng@cgl.ucsf.edu&gt; wrote:<br> </font> </div>  <br><br> <div class="y_msg_container">Dear Sanjeev Sariya,<br clear="none">There are 2 copies of the protein in this structure, plus glycosylations, water, ions, etc.&nbsp; This is just the contents of the PDB file.&nbsp; If you look at the page at the RCSB PDB for this structure:<br clear="none"><br clear="none">&lt;<a shape="rect" href="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1u19" target="_blank">http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1u19</a>&gt;<br clear="none"><br clear="none">… it says there are 2 chains of rhodopsin, A and B.&nbsp; Any display program will show both chains when you open the PDB file, but you can hide or delete parts of the structure (such as one chain) as you wish.&nbsp; For example, in Chimera you could use menu:<br clear="none"><br clear="none">Select… Chain… B<br clear="none">Actions… Atoms/Bonds… delete<br clear="none"><br clear="none">to delete chain B.&nbsp; In general, any molecular display programs will also allow showing/hiding,&nbsp; coloring,&nbsp; changing display style, etc. of specific residues and atoms within each chain.&nbsp; For example, to color only residue 113 in chain A:<br clear="none"><br clear="none">color red :113.A<br clear="none"><br clear="none">There is a manual page on command-line specification:<br clear="none">&lt;<a shape="rect" href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/frameatom_spec.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/frameatom_spec.html</a>&gt;<br clear="none"><br clear="none">If you are a Chimera beginner, I recomend the "getting started" tutorial on our website:<br clear="none">&lt;<a shape="rect" href="http://www.rbvi.ucsf.edu/Outreach/Tutorials/GettingStarted.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/Outreach/Tutorials/GettingStarted.html</a>&gt;<br clear="none"><br clear="none">There are also several tutorials in the User's Guide, ranging from beginner to more advanced (see Chimera menu: Help… Tutorials).<br clear="none">I hope this helps,<br clear="none">Elaine<br clear="none">----------<br clear="none">Elaine C. Meng, Ph.D. <br clear="none">UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br clear="none">Department of Pharmaceutical Chemistry<br clear="none">University of California, San Francisco<br clear="none"><div class="yqt0404379247" id="yqtfd10644"><br clear="none">On Sep 22, 2014, at 4:58 AM, Sanjeev Sariya &lt;<a shape="rect" ymailto="mailto:s.sariya_work@ymail.com" href="mailto:s.sariya_work@ymail.com">s.sariya_work@ymail.com</a>&gt; wrote:<br clear="none"><br clear="none">&gt; Hi Members/Developers,<br clear="none">&gt; <br clear="none">&gt; I loaded pdb file 1U19- Bovine Rhodopsin.<br clear="none">&gt; <br clear="none">&gt; structure is double the length what is to be. <br clear="none">&gt; <br clear="none">&gt; On terminal, on doing<br clear="none">&gt; color red: 113<br clear="none">&gt; <br clear="none">&gt; I see that 2 residues are colored.<br clear="none">&gt; <br clear="none">&gt; Why there are 2 molecules in same file?<br clear="none">&gt; How do I hide one molecule?<br clear="none"></div><br><br></div>  </div> </div>  </div> </div></body></html>