<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:16px"><div class="" style=""><span class="" style="">Thank you Elaine. &nbsp;I appreciate it. &nbsp;</span></div><div class="" style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span class="" style=""><br></span></div><div class="" style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span class="" style="">I have been able to acetylate the lysine residues but now I am having difficulty in eliminating the charge. &nbsp;</span>I noticed that each hydrogen on a normal epsilon amino group of lysine is assigned +0.34 charge. &nbsp;It
 would obviously be less than +1 and when I try and assign it +0 it basically is not capable of conducting the calculation. &nbsp;I will continue to read and work on it.</div><div class="" style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span style="background-color: transparent;"><br></span></div><div class="" style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span style="background-color: transparent;">Thanks,</span></div><div class="" style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span style="background-color: transparent;">Jesse
 &nbsp;</span><br></div> <div class="qtdSeparateBR"><br><br></div><div class="yahoo_quoted" style="display: block;"> <div style="font-family: HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif; font-size: 16px;" class=""> <div style="font-family: HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif; font-size: 16px;" class=""> <div dir="ltr" class="" style=""> <font size="2" face="Arial" class="" style=""> On Tuesday, October 21, 2014 1:18 PM, Elaine Meng &lt;meng@cgl.ucsf.edu&gt; wrote:<br class="" style=""> </font> </div>  <br class="" style=""><br class="" style=""> <div class="" style="">I should have added an "etc." … the steps I mentioned still wouldn't be the whole acetyl group!<br class="" style="">Elaine<br class="" style=""><br class="" style=""><br class="" style="">On Oct 21, 2014, at 11:06 AM, Elaine Meng &lt;<a ymailto="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" class=""
 style="">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt; wrote:<br class="" style=""><br class="" style="">&gt; Hi Jesse,<br class="" style="">&gt; You can manually build onto your structure atom-by-atom using Build Structure (in menu under Tools… Structure Editing).&nbsp; It's not the most friendly builder, but once you play around with it for a while, you can see how the general process works.&nbsp; Basically to build outward you use the "Modify Structure" tab, with cycles of hydrogen addition and then changing a hydrogen to some other atom type.&nbsp; You would add hydrogens (could do with AddH the first time around… this tool is also in the Structure Editing section), then change one hydrogen to a carbon of the proper hybridization type, then add hydrogens again, then change one of the hydrogens on the carbon to an oxygen of the proper hybridization type.<br class="" style="">&gt; <br class="" style="">&gt; See the following (or click Help on the tool dialog)<br
 class="" style="">&gt; &lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/editing/editing.html" target="_blank" class="" style="">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/editing/editing.html</a>&gt;<br class="" style="">&gt; <br class="" style="">&gt; Best,<br class="" style="">&gt; Elaine<br class="" style="">&gt; ----------<br class="" style="">&gt; Elaine C. Meng, Ph.D. <br class="" style="">&gt; UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br class="" style="">&gt; Department of Pharmaceutical Chemistry<br class="" style="">&gt; University of California, San Francisco<br class="" style="">&gt; <br class="" style="">&gt; On Oct 21, 2014, at 10:55 AM, JESSE JAYNES &lt;<a ymailto="mailto:jjsqrd@bellsouth.net" href="mailto:jjsqrd@bellsouth.net" class="" style="">jjsqrd@bellsouth.net</a>&gt; wrote:<br class="" style="">&gt; <br class="" style="">&gt;&gt; Folks:<br class="" style="">&gt;&gt; I was
 wondering if I could get help with something.&nbsp; I have a peptide with a peptide with lysines and I would like to add acetyl groups to them.&nbsp; Is that possible?&nbsp; Thanks, Jesse<br class="" style="">&gt; <br class="" style=""><br class="" style=""><br class="" style=""></div>  </div> </div>  </div> </div></body></html>