<div dir="ltr"><div><div>Hi Elaine,<br><br></div>Thank you for the information. Replacing the residue names resolved my problem.<br><br></div>Bala<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 21, 2014 at 6:08 PM, Elaine Meng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Bala,<br>
Two reasons, both related to PDB file format:<br>
<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/framepdbintro.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/framepdbintro.html</a>&gt;<br>
<br>
(1) Column spacing:  spaces are important in PDB format, but there is a missing space before &quot;A&quot; on the line for atom 25, and one too many spaces before the &quot;A&quot; on the lines for atoms 23,29,30,31,33,34.  It is hard to see this if you are viewing with a varying-width font, but clear if you view in constant-width font.  Viewing/editing PDB files should be done using constant-width font.<br>
<br>
(2) Nonstandard residue names:  the ones with three-letter residue names not normally used for regular amino acids are not automatically connected.  If I replace &quot;ATOM  &quot; (two spaces after the word) with &quot;HETATM&quot; on those lines, it fixes the problem.<br>
<br>
You could try applying these fixes yourself, but since I did them already, I attached the result below.   Chimera only shows the thin &quot;licorice&quot; ribbon because this is a CA-only structure.  I hope this helps,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
<br><br>
<br>
Attached above, pasted below, but again should really be viewed with constant-width font:<br>
<br>
MODEL       1<br>
ATOM    240  CA  VAL A  15      -4.028 -10.131 -14.981  1.00  0.00<br>
HETATM  256  CA  ASA A  16      -1.059  -7.963 -15.984  1.00  0.00<br>
ATOM    268  CA  LEU A  17      -1.498  -5.735 -12.905  1.00  0.00<br>
ATOM    287  CA  ALA A  18      -1.837  -8.694 -10.513  1.00  0.00<br>
ATOM    297  CA  VAL A  19       1.521 -10.149 -11.590  1.00  0.00<br>
ATOM    313  CA  ALA A  20       3.129  -6.662 -11.574  1.00  0.00<br>
ATOM    323  CA  VAL A  21       1.979  -5.898  -8.009  1.00  0.00<br>
ATOM    339  CA  VAL A  22       3.318  -9.266  -6.779  1.00  0.00<br>
ATOM    355  CA  ILE A  23       6.792  -8.806  -8.282  1.00  0.00<br>
ATOM    374  CA  GLY A  24       6.953  -5.077  -7.492  1.00  0.00<br>
ATOM    381  CA  THR A  25       5.978  -5.469  -3.854  1.00  0.00<br>
ATOM    395  CA  ALA A  26       8.113  -8.578  -3.252  1.00  0.00<br>
HETATM  405  CA  AHE A  27      11.502  -6.829  -3.607  1.00  0.00<br>
ATOM    425  CA  THR A  28      10.411  -3.957  -1.319  1.00  0.00<br>
ATOM    439  CA  ALA A  29       8.727  -6.289   1.217  1.00  0.00<br>
ATOM    449  CA  LEU A  30      11.626  -8.763   1.549  1.00  0.00<br>
ATOM    468  CA  VAL A  31      14.332  -6.060   1.884  1.00  0.00<br>
ATOM    484  CA  THR A  32      12.244  -3.984   4.372  1.00  0.00<br>
ATOM    498  CA  LYS A  33      11.589  -7.104   6.477  1.00  0.00<br>
HETATM  520  CA  AHE A  34      15.337  -7.950   6.374  1.00  0.00<br>
ATOM    540  CA  THR A  35      16.415  -4.418   7.456  1.00  0.00<br>
HETATM  554  CA  ASA A  36      13.895  -4.173  10.321  1.00  0.00<br>
ATOM    566  CA  SER A  37      14.420  -7.770  11.568  1.00  0.00<br>
ATOM    577  CA  ILE A  38      18.204  -8.185  11.182  1.00  0.00<br>
ATOM    596  CA  ILE A  39      20.091  -4.967  10.349  1.00  0.00<br>
ATOM    615  CA  THR A  40      18.515  -2.454  12.798  1.00  0.00<br>
END<br>
<br>
<br>
On Oct 21, 2014, at 2:27 AM, Bala subramanian &lt;<a href="mailto:bala.biophysics@gmail.com">bala.biophysics@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; Friends,<br>
&gt; I am trying to visualize a helical structure containing only the CA atoms. Chimera doesnt display ribbon for some of atoms, a reason which i dnt understand.<br>
&gt;<br>
&gt; I have tried to visualize in several versions 1.10, 1.9, 1.7 etc. I am pasting the coordinates below of my pdb. You insights would be of great help to resolve the problem.<br>
&gt;<br>
&gt; MODEL       1<br>
&gt; ATOM    240  CA  VAL A  15      -4.028 -10.131 -14.981  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    256  CA  ASA A  16      -1.059  -7.963 -15.984  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    268  CA  LEU A  17      -1.498  -5.735 -12.905  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    287  CA  ALA A  18      -1.837  -8.694 -10.513  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    297  CA  VAL A  19       1.521 -10.149 -11.590  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    313  CA  ALA A  20       3.129  -6.662 -11.574  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    323  CA  VAL A  21       1.979  -5.898  -8.009  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    339  CA  VAL A  22       3.318  -9.266  -6.779  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    355  CA  ILE  A  23       6.792  -8.806  -8.282  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    374  CA  GLY A  24       6.953  -5.077  -7.492  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    381  CA  THRA  25       5.978  -5.469  -3.854  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    395  CA  ALA A  26       8.113  -8.578  -3.252  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    405  CA  AHE A  27      11.502  -6.829  -3.607  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    425  CA  THR A  28      10.411  -3.957  -1.319  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    439  CA  ALA  A  29       8.727  -6.289   1.217  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    449  CA  LEU  A  30      11.626  -8.763   1.549  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    468  CA  VAL  A  31      14.332  -6.060   1.884  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    484  CA  THR A  32      12.244  -3.984   4.372  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    498  CA  LYS  A  33      11.589  -7.104   6.477  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    520  CA  AHE  A  34      15.337  -7.950   6.374  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    540  CA  THR A  35      16.415  -4.418   7.456  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    554  CA  ASA A  36      13.895  -4.173  10.321  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    566  CA  SER A  37      14.420  -7.770  11.568  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    577  CA  ILE A  38      18.204  -8.185  11.182  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    596  CA  ILE A  39      20.091  -4.967  10.349  1.00  0.00<br>
&gt; ATOM    615  CA  THR A  40      18.515  -2.454  12.798  1.00  0.00<br>
&gt; END<br>
&gt;<br>
<br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>C. Balasubramanian<br>
</div>