<div dir="ltr">thanks v much, I&#39;ll give that a go...</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 9 October 2014 18:46, Elaine Meng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Jane,<br>
I think you just wanted to apply the &quot;heteroatom&quot; color-coding to that residue.  For example, select it and use<br>
<br>
menu: Actions… Color.. by heteroatom<br>
or<br>
command: color byhet sel<br>
<br>
That will keep the carbons as their current color but use the element color-coding for the others.  Or, you could use &quot;by element&quot;  instead, which will also color the carbons by element (gray).<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/colortables.html#byelement" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/colortables.html#byelement</a>&gt;<br>
<br>
If I misunderstood your question, you could try asking it again.  I hope this helps,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
On Oct 9, 2014, at 4:40 AM, Jane Norman &lt;<a href="mailto:Jane.Norman@bristol.ac.uk">Jane.Norman@bristol.ac.uk</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; Hello<br>
&gt;<br>
&gt; I am new to using chimera and I have been struggling with one aspect. I&#39;m trying to mutate one residue in my protein, by using the command swapaa leu :310, this seems to work nicely,<br>
&gt;<br>
&gt; To show the amino acid I then go in to &quot;tools&quot; then &quot;sequence&quot; and select this mutated residue and then go to &quot;actions&quot; then &quot;atoms/bond&quot; and &quot;show&quot; and the residue is displayed, however it is displayed as a block colour which I can&#39;t seem to change the colour scheme of the amino acid to match other residues which I&#39;ve displayed nearby (e.g showing different colours (white/blue/red for different groups on the amino acid). i can easily change the block coulr of the whole reside but not to match the helpful scheme of he other displayed residues.<br>
&gt;<br>
&gt; However If I just pick an unmutated residue to display it shows it in the same style as the other residues (which is what I want for my mutated one)<br>
&gt;<br>
&gt; I hope that makes sense I couldn&#39;t find the answer in the help section<br>
&gt;<br>
&gt; Thank you very much for your time<br>
&gt;<br>
&gt; Jane<br>
<br>
</blockquote></div><br></div>