<div dir="ltr">Hello Chimera users,<div><br></div><div>I am attempting to learn ligand docking using autodock vina in Chimera. I am using a local copy of AutoDock Vina, and Chimera 1.9 (64 bit) for mac os 10.9.5. I have added H atoms to the ligand prior to loading the structure into Chimera. I added H atoms to the protein within Chimera. However, when I run AutpDock Vina I receive the error:</div><div><br></div><div>ValueError: Could not find atomic number for Ha Ha</div><div>failed to prepare receptor for AutoDock Vina; please look in Reply Log to see errors.</div><div><br></div><div>I thought that this could be because of the H atoms added to CA atoms are named HA by default, however if I change the HA atom names to H, I still get the same error. I can verify that there are no atoms named &quot;Ha&quot; in the structure. What am I doing wrong?</div><div><br></div><div>Thanks for your time.<br clear="all"><div><br></div>-- <br>William J. McDonald<br>Postdoctoral Scholar<br>Department of Chemistry and Biochemistry<br>University of California, Santa Cruz<br>
</div></div>