<div dir="ltr">Dear Eric,<br><br>Thank you very much for adding this new feature and for doing it so quickly. I'm both impressed and grateful.<br><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div dir="ltr"><div>Kind regards,<br><br><div>Tony<br></div><div><br></div>Dr Tony Lewis<br>Orengo Group<br>UCL<br><br></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 29 September 2014 20:54, Eric Pettersen <span dir="ltr"><<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Oh, and thanks for the info BTW.  Very happy to add this capability to Chimera.<div><br></div><div>--Eric</div><div><br><div><div><div><div>On Sep 29, 2014, at 11:59 AM, Eric Pettersen <<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:</div><br></div></div><blockquote type="cite"><div><div><div style="word-wrap:break-word"><div><div>On Sep 29, 2014, at 7:27 AM, Tony Lewis <<a href="mailto:t.lewis@ucl.ac.uk" target="_blank">t.lewis@ucl.ac.uk</a>> wrote:</div><br><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div><div>Dear Chimera people,<br><br></div><div>Many thanks to all Chimera contributors.<br><br>Please may I propose an addition to allow users to access our CATH domains in the same way that they can currently access SCOP domains ( <a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/scop.html" target="_blank">https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/scop.html</a> )?<br><br></div><div></div><div>PDBs for CATH domains can be loaded from URI's of the form: <a href="http://data.cathdb.info/latest_release/pdb/1cukA01" target="_blank">http://data.cathdb.info/latest_release/pdb/1cukA01</a><br><br></div><div></div><div>For information, CATH domain IDs contain 7 digits:<br></div><ul><li><span style="font-family:courier new,monospace">1-4 : (eg 1cuk ) : PDB code <br></span></li><li><span style="font-family:courier new,monospace">  5 : (eg A    ) : chain code</span></li><li><span style="font-family:courier new,monospace">6-7 : (eg 01   ) : 2-digit domain number ( '00' for whole chain domains )</span></li></ul></div><div><div></div><div>We here at CATH would be very happy to provide any other information required to implement this.</div></div></div></blockquote><br></div><div>Hi Tony,</div><div><span style="white-space:pre-wrap">     </span>I've added CATH fetching to Chimera and it will show up in the tonight's daily build.  Look for builds dated September 27 or later.  The above information was sufficient.  Let me know if you find any rough edges. :-)</div><div><br></div><div>--Eric</div><br><div>
<span style="border-collapse:separate;border-spacing:0px;font-family:Helvetica;font-size:16px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><div style="margin:0px"><font style="font:16px Helvetica" face="Helvetica" size="5"><span>                       <span> </span></span>Eric Pettersen</font></div><div style="margin:0px"><font style="font:16px Helvetica" face="Helvetica" size="5"><span>                       <span> </span></span>UCSF Computer Graphics Lab</font></div><div style="margin:0px"><font style="font:16px Helvetica" face="Helvetica" size="5"><span>                        </span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></div><br></span>
</div>
<br></div></div></div>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br></div></div></div>