<div dir="ltr">Dear Eric,<br><br>Thank you very much for adding this new feature and for doing it so quickly. I&#39;m both impressed and grateful.<br><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div dir="ltr"><div>Kind regards,<br><br><div>Tony<br></div><div><br></div>Dr Tony Lewis<br>Orengo Group<br>UCL<br><br></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 29 September 2014 20:54, Eric Pettersen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Oh, and thanks for the info BTW.  Very happy to add this capability to Chimera.<div><br></div><div>--Eric</div><div><br><div><div><div><div>On Sep 29, 2014, at 11:59 AM, Eric Pettersen &lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt; wrote:</div><br></div></div><blockquote type="cite"><div><div><div style="word-wrap:break-word"><div><div>On Sep 29, 2014, at 7:27 AM, Tony Lewis &lt;<a href="mailto:t.lewis@ucl.ac.uk" target="_blank">t.lewis@ucl.ac.uk</a>&gt; wrote:</div><br><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div><div>Dear Chimera people,<br><br></div><div>Many thanks to all Chimera contributors.<br><br>Please may I propose an addition to allow users to access our CATH domains in the same way that they can currently access SCOP domains ( <a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/scop.html" target="_blank">https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/scop.html</a> )?<br><br></div><div></div><div>PDBs for CATH domains can be loaded from URI&#39;s of the form: <a href="http://data.cathdb.info/latest_release/pdb/1cukA01" target="_blank">http://data.cathdb.info/latest_release/pdb/1cukA01</a><br><br></div><div></div><div>For information, CATH domain IDs contain 7 digits:<br></div><ul><li><span style="font-family:courier new,monospace">1-4 : (eg 1cuk ) : PDB code <br></span></li><li><span style="font-family:courier new,monospace">  5 : (eg A    ) : chain code</span></li><li><span style="font-family:courier new,monospace">6-7 : (eg 01   ) : 2-digit domain number ( &#39;00&#39; for whole chain domains )</span></li></ul></div><div><div></div><div>We here at CATH would be very happy to provide any other information required to implement this.</div></div></div></blockquote><br></div><div>Hi Tony,</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>I&#39;ve added CATH fetching to Chimera and it will show up in the tonight&#39;s daily build.  Look for builds dated September 27 or later.  The above information was sufficient.  Let me know if you find any rough edges. :-)</div><div><br></div><div>--Eric</div><br><div>
<span style="border-collapse:separate;border-spacing:0px;font-family:Helvetica;font-size:16px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><div style="margin:0px"><font style="font:16px Helvetica" face="Helvetica" size="5"><span>                       <span> </span></span>Eric Pettersen</font></div><div style="margin:0px"><font style="font:16px Helvetica" face="Helvetica" size="5"><span>                       <span> </span></span>UCSF Computer Graphics Lab</font></div><div style="margin:0px"><font style="font:16px Helvetica" face="Helvetica" size="5"><span>                        </span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></div><br></span>
</div>
<br></div></div></div>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br></div></div></div>