<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div>On Sep 29, 2014, at 8:08 AM, Tony Lewis &lt;<a href="mailto:t.lewis@ucl.ac.uk">t.lewis@ucl.ac.uk</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div dir="ltr">Dear Chimera people,<br><br><div>Many thanks to all Chimera contributors.<br><br></div><div>Please can anyone tell me if there's a way to include PDB data *inline* in Chimera script / command / Chimerax files?<br><br>PyMOL's read_pdbstr() command loads PDB data from an inline string, which means one file can contain both the structural data and the associated commands. That's rather convenient.<br><br>I would much appreciate any help on how to do the same with Chimera. Apologies if the answer is obvious.</div></div></blockquote><br></div><div>Hi Tony,</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>I wouldn't say the answer is obvious, but Chimera can read streams and therefore you can use a StringIO buffer to open PDB data in Chimera. &nbsp;Here is an example that open a histidine residue:</div><div><br></div><div><div>from StringIO import StringIO</div><div>buf = StringIO("""ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp;N &nbsp; HIS A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;49.668 &nbsp;24.248 &nbsp;10.436 &nbsp;1.00 25.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; N &nbsp;</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp;CA &nbsp;HIS A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;50.197 &nbsp;25.578 &nbsp;10.784 &nbsp;1.00 16.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C &nbsp;</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;3 &nbsp;C &nbsp; HIS A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;49.169 &nbsp;26.701 &nbsp;10.917 &nbsp;1.00 16.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C &nbsp;</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp;O &nbsp; HIS A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;48.241 &nbsp;26.524 &nbsp;11.749 &nbsp;1.00 16.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; O &nbsp;</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;5 &nbsp;CB &nbsp;HIS A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;51.312 &nbsp;26.048 &nbsp; 9.843 &nbsp;1.00 16.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C &nbsp;</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;6 &nbsp;CG &nbsp;HIS A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;50.958 &nbsp;26.068 &nbsp; 8.340 &nbsp;1.00 16.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C &nbsp;</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;7 &nbsp;ND1 HIS A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;49.636 &nbsp;26.144 &nbsp; 7.860 &nbsp;1.00 16.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; N &nbsp;</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;8 &nbsp;CD2 HIS A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;51.797 &nbsp;26.043 &nbsp; 7.286 &nbsp;1.00 16.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C &nbsp;</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;9 &nbsp;CE1 HIS A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;49.691 &nbsp;26.152 &nbsp; 6.454 &nbsp;1.00 17.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C &nbsp;</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; 10 &nbsp;NE2 HIS A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;51.046 &nbsp;26.090 &nbsp; 6.098 &nbsp;1.00 17.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; N &nbsp;""")</div><div>from chimera import openModels</div><div>models = openModels.open(buf, type="PDB", identifyAs="his")</div><div><br></div><div>--Eric</div></div><br><div apple-content-edited="true">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 16px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>Eric Pettersen</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>UCSF Computer Graphics Lab</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;</span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></p><br class="Apple-interchange-newline"></span>
</div>
<br></body></html>