<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=gb2312">
<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta name=Generator content="Microsoft Word 14 (filtered medium)"><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:SimSun;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:SimSun;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:SimSun;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoPlainText, li.MsoPlainText, div.MsoPlainText
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Plain Text Char";
        margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
span.PlainTextChar
        {mso-style-name:"Plain Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Plain Text";
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 90.0pt 72.0pt 90.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-US link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoPlainText><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"'>Hi Elaine,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"'>Thank you so much for your reply. I made the axes by myself through í░measure rotationí▒. It generated axes models. If í░angleí▒ command only show the smaller angle, why I got angle of minus and even more then 90 degree?<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"'>Thanks,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"'>Jian<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>-----Original Message-----<br>From: Elaine Meng [mailto:meng@cgl.ucsf.edu] <br>Sent: 2014<span lang=ZH-CN style='font-family:SimSun'>─ŕ</span>9<span lang=ZH-CN style='font-family:SimSun'>ď┬</span>23<span lang=ZH-CN style='font-family:SimSun'>╚Ň</span> 16:36<br>To: Jian Guan<br>Cc: chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>Subject: Re: [Chimera-users] Angle</p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>Hi Jian,<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>You would need to use the IDs of the axes (not model numbers) in the angle command.&nbsp; The IDs are shown in the Axes/Planes/Centroids list of objects. You could have specified the IDs when you made the axes, or they would be generated automatically.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/angle.html"><span style='color:windowtext;text-decoration:none'>http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/angle.html</span></a>&gt;<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/structuremeas/structuremeas.html#axes"><span style='color:windowtext;text-decoration:none'>http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/structuremeas/structuremeas.html#axes</span></a>&gt;<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>So the command would be something like: <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>angle a1 a2<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>It gives the smaller angle, treating both axes as infinite lines.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>Elaine<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>On Sep 23, 2014, at 12:29 PM, &quot;Jian Guan&quot; &lt;<a href="mailto:jug25@psu.edu"><span style='color:windowtext;text-decoration:none'>jug25@psu.edu</span></a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; Hi All,<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; I made two axes for two molecule, and want to measure the angle between them. Let's say, #1 and #2 are the two axes. I used command line of &quot;angle #1 #2&quot; to do that.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; Question:<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; What is the default angle measurement? The #1 rotate clockwise or anti-clockwise to reach #2?<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; Thanks,<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; Jian<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p></div></body></html>