<div dir="ltr">Hello all<div><br></div><div>I am trying to change one aminoacid on a PDB file to a nonstandard residue: TYR to nitrotyroine (PDB ligand code: NIY). I tried modifying the structure of the existing aminoacid in the coordinate file to include an NO2 group in the meta position (Structure Editing --&gt; Build Structure --&gt; Modify Structure...), but ANTECHAMBER cannot assign the correct charges afterwards. Command &quot;swapaa&quot; was also ineffective. Is there anyway to modify the residue and assign the correct charges?</div><div><br></div><div>Thank you in advance,</div><div><br></div><div>Rui Almeida.<br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">Rui Almeida<div>Ph.D., Biochemistry</div><div>REQUIMTE/CQFB -¬†BioInorganic Chemistry Lab</div><div>Dep. Quimica,¬†Faculdade de Ciencias e Tecnologia, UNL</div><div>2829-516 Caparica, PORTUGAL</div><div>E-mail: <a href="mailto:rui.almeida@fct.unl.pt" target="_blank">rui.almeida@fct.unl.pt</a></div><div><br></div></div>
</div></div>