<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">You would get Chimera to "see" the plugin by installing the plugin anywhere you'd like, for instance inside a folder named "chimera-plugins" in your home directory. &nbsp;Then start Chimera and use Favorites-&gt;Add to Favorites/Toolbar to bring up the Tools preferences interface. &nbsp;In the "Locations" part of that panel use "Add…" to add the folder <i>above</i>&nbsp;the plugin (i.e. in the example, ~/chimera-plugins, rather than ~/chimera-plugins/ChimPlug). &nbsp;Click Save in the preferences dialog to have the change apply to future uses of Chimera rather than just your current session. &nbsp;The ChimPlug should show up in the Tools menu somewhere.<div><br></div><div>As per Elaine, I don't know how you would use ChimPlug specifically, but maybe getting it running in Chimera will give you some clues &nbsp;(maybe there'll be a Help button?!?)…</div><div><br></div><div>--Eric</div><div><div><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;Eric Pettersen<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;UCSF Computer Graphics Lab<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a><br><br></div><div><div>On Sep 19, 2014, at 10:05 AM, Elaine Meng &lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Dear Ajay,<br>I didn’t know about Chimplug until seeing your message!<br><br>I see there is a website:<br>&lt;<a href="http://lausanne.isb-sib.ch/~agrosdid/projects/chimplug/">http://lausanne.isb-sib.ch/~agrosdid/projects/chimplug/</a>&gt;<br><br>I tried clicking the documentation link on that page, but it never showed up. &nbsp;My only other idea is to ask the developer.<br>Sorry about that,<br>Elaine<br>-----<br>Elaine C. Meng, Ph.D. &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>Department of Pharmaceutical Chemistry<br>University of California, San Francisco<br><br>On Sep 17, 2014, at 6:05 AM, Pande, Ajay K &lt;<a href="mailto:apande@albany.edu">apande@albany.edu</a>&gt; wrote:<br><br><blockquote type="cite">How would one use Chimplug plug-in in Chimera? I would like to generate CRD/PSF files for the ligand for use in CHARM.<br>Thanks<br>Ajay<br></blockquote><br><br>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br><br></blockquote></div><br></div><br><br></body></html>