<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div>On Sep 18, 2014, at 11:32 AM, <a href="mailto:rswett@chem.wayne.edu">rswett@chem.wayne.edu</a> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hey all, I'm trying to visualize an RIN from a dynamics run using the new addition to the Trajectory tools. Cytoscape isn't playing nice with launching chimera, so I was wondering how difficult it would be to save the calculated network to load independently in cytoscape? Currently the calculation runs just fine, but I can't save the output. Is there a command line way to do it? Any other suggestions?</blockquote><br></div><div>Hi Rebecca,</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>If you start Chimera from a shell, the residue-interaction tool will print out the path names of the files (and some other info) to the shell when you click Apply. &nbsp;On Linux it should be obvious how to start Chimera from the shell. &nbsp;Info for how to do it on Windows and Mac is at the end of this message.</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>The files are:</div><div><br></div><div>1) &lt;some temp name&gt;_network.txt: &nbsp;network file, which you can use File-&gt;Import-&gt;Network-&gt;File in Cytoscape to open.</div><div><br></div><div>2) &lt;some temp name&gt;_nattr.txt: &nbsp;node attribute file: &nbsp;which you could open with File-&gt;Import-&gt;Table-&gt;File in Cytoscape, but is probably superfluous if Cytoscape isn't running in conjunction with Chimera.</div><div><br></div><div>3) &lt;some temp name&gt;_netviz.xml: &nbsp;network visualization style file, which you can import with File-&gt;Import-&gt;Vizmap File and which will define a "MD residue interactions" VizMapper style, which you could apply if you wanted.</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>However, the fact of the matter is that the whole shebang is considerably more useful if Chimera and Cytoscape are running together. &nbsp;First off, if connected to Chimera the nodes will be laid out spatially the same way they are depicted in Chimera (all with a Z of 0 of course) so it's immediately easier to tell where various interactions occur in the structure. &nbsp;Without Chimera, the nodes will be laid out in a square array, which you could change with various layout algorithms, but none of which will place them as they appear in the Chimera window. &nbsp;Second, without Chimera selecting nodes in Cytoscape won't select them in Chimera (obviously) and vice versa.</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Still it's better than nothing I suppose. &nbsp;It would be better if you could get StructureViz to launch Chimera. &nbsp;In not-extremely-old versions of StructureViz there is a "Path to chimera executable" setting where you can tell it where Chimera is. &nbsp;Were you already doing that and it wasn't working?</div><div><br></div><div>--Eric</div><br><div apple-content-edited="true">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 16px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>Eric Pettersen</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>UCSF Computer Graphics Lab</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;</span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></p><br class="Apple-interchange-newline"></span>
</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div>
Shell on Mac: &nbsp;open the Terminal app (in Applications/Utilities). &nbsp;Drag and drop the Chimera icon onto Terminal. &nbsp;This should cause the path to Chimera.app to show up in Terminal. &nbsp;Append the text "/Contents/Resources/bin/chimera" to it (no quotes and no spaces between). &nbsp;Hit Return.<div><br></div><div>Shell on Windows: &nbsp;if you have Cygwin installed, use that and you should already know what to do. &nbsp;Otherwise, right click on the Chimera icon and select Properties. &nbsp;In the Shortcut field add " --debug" after the final quote [no quotes, but with a space before the first dash]. &nbsp;This will cause a text window to come up as your start Chimera. &nbsp;The text window will have the file name output when the time comes.</div></body></html>