<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii"><meta name=Generator content="Microsoft Word 14 (filtered medium)"><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:\5B8B\4F53;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:\5B8B\4F53;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:"\@\5B8B\4F53";
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 90.0pt 72.0pt 90.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-US link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal><span style='font-size:16.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"'>Dear all,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:16.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"'>I have one question about the Molecular Representations.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:16.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"'>In chimera, molecule can be represented by ball and sphere. Sphere is with the VDW radius for atoms and stick bonds. What about the ball? What is the ball size? <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:16.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"'>I tried to measure the distance between two molecules. I used command line of &#8220;measure distance #1 #2&#8221;. It shows closest distance between two sets of atoms. When I made surface map for the same two molecules, I used the same command, it showed different number. I understand it is the distance of VDW. But what is the distance between atoms if I used PDB file instead of surface map? Which one is more reliable?<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:16.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"'>Thanks,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:16.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"'>Jian<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p></div></body></html>