<div dir="ltr"><div><div><div>Dear Elaine,<br><br></div>Thank you for your suggestion. It solved my problem. I am quite new to Chimera and I missed this very trivial part. Thank you again.<br><br></div>Best,<br></div>Batuhan<br>
</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 26, 2014 at 8:18 PM, Elaine Meng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Batuhan Kav,<br>
It is because the geometry (bond lengths and angles) are different in the two molecules.  Chimera uses these to try to figure out the atom types.  In the &quot;correct&quot; molecule, C6 is identified as atom type C3 (sp3-hybridized carbon), whereas in the &quot;incorrect&quot; molecule, it is identified as atom type C2 (sp2).<br>

<br>
You can manually assign C6 to the correct atom type before adding hydrogens, for example with command:<br>
<br>
setattr a idatmType C3 @C6<br>
<br>
You can see the atom types by labeling, for example menu &quot;Actions… Label… IDATM Type&quot; to label the currently selected atoms.   You would have to re-label (choose this menu item again) after changing the type to see the change.<br>

<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div><div class="h5"><br>
On Aug 26, 2014, at 6:45 AM, BATUHAN KAV &lt;<a href="mailto:bkav13@ku.edu.tr">bkav13@ku.edu.tr</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; Dear All,<br>
&gt;<br>
&gt; I am trying to add hydrogen atoms to dexomethasone ligand. In the original PDB file, there are two dexomethasone molecules. So, I create split them into two different PDB&#39;s. Then, I load them and use addH option. In one PDB (sil.pdb), everything works fine and all hydrogens are added successfully. However, in the other pdb (which I name as other.pdb), one hydrogen atom is missing. I will use these files for further parametrization in AMBER, so this is really important. I looked through the files over and over again but couldn&#39;t find any reason for this apparent difference. What am I missing? I also attach the files. Any help would be greatly appreciated.<br>

&gt;<br>
&gt; Cheers<br>
</div></div>&gt; &lt;sil.pdb&gt;&lt;sil-2.pdb&gt;&lt;other2.pdb&gt;&lt;other.pdb&gt;<br>
</blockquote></div><br></div>