<div dir="ltr">I&#39;m using 1.8. I will upgrade. Thanks.<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Aug 25, 2014 at 11:30 AM, Elaine Meng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class=""><br>
On Aug 24, 2014, at 2:04 PM, Milo Westler &lt;<a href="mailto:milo@nmrfam.wisc.edu">milo@nmrfam.wisc.edu</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; I also sent a second message asking how to write out the parameters determined from antechamber. (write prmtop doesn&#39;t work for me)<br>
<br>
</div>Hi Milo,<br>
I didn&#39;t see this other message (but maybe it hasn&#39;t come through for some reason), but I was able to use Write Prmtop on the ligand.pdb file you sent, in both Chimera 1.9 and the current pre-1.10 daily build.  The result from Chimera 1.9 is attached.  The files differed only very slightly, could have been rounding.<br>


<br>
You should use at least Chimera 1.9, as there was a Write Prmtop bugfix in that version.<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/relnotes/1.9.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/relnotes/1.9.html</a>&gt;<br>
<br>
If you are using Chimera 1.9 or newer, but still get an error of some kind, you could report the bug (menu: Help… Report a Bug).  Thanks!<br>
Elaine<br>
----------<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
</div></div><br><br>
<br>
<br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr">-- Milo<br>===================================================<br>National Magnetic Resonance Facility at Madison<br>      An NIH-Supported Resource Center<br>

<br>W. Milo Westler, Ph.D.<br><br>NMRFAM Director<br>Senior Scientist<br>       and<br>Adjunct Professor<br>Department of Biochemistry<br>University of Wisconsin-Madison<br>DeLuca Biochemistry Laboratories<br>433 Babcock Drive<br>

Rm B160D<br>Madison, WI USA 53706-1544<br>EMAIL: <a href="mailto:milo@nmrfam.wisc.edu" target="_blank">milo@nmrfam.wisc.edu</a><br>PHONE: (608)-263-9599<br>FAX: (608)-263-1722<br>======================================================================= ========</div>


</div>