<div dir="ltr"><div><div>Elaine,<br></div>  Thanks for your help, as a original Midas user, really appreciate Chimera.<br><br></div><div>Attached is the pdb file I am using. <br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br>

<div class="gmail_quote">On Sun, Aug 24, 2014 at 4:04 PM, Milo Westler <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:milo@nmrfam.wisc.edu" target="_blank">milo@nmrfam.wisc.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div dir="ltr"><div>Thanks. I tried using the easy method and it didn&#39;t work. Here is my script:<br><br>from chimera import runCommand as rc<br>rc(&quot;minimize&quot;)<br>rc(&quot;~select&quot;)<br>rc(&quot;rotation 1 @C2@C3&quot;)<br>


rc(&quot;rotation 1 90 1&quot;)<br>rc(&quot;select :@C1@C2@C3@C5&quot;)<br>rc(&quot;minimize freeze selected&quot;)<br><br><br><br></div><div>If I did the first command in a script, followed by a separate script using the next 3 commands, then another separate script for the last 2, it worked. If I have done something wrong, please tell me. Obviously, I could write a bunch of scripts and run them separately, but I was trying to be efficient. I want to do a potential energy scan with smaller angles (~10 degrees or so). I can write a script to write all of these separate scripts and then run them in tandem, but that can be rather tiring.  I am also interested in using chimera python scripts ( I promised myself I would learn python).<br>


<br>I also sent a second message asking how to write out the parameters determined from antechamber. (write prmtop doesn&#39;t work for me)<br></div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br>

<br><div class="gmail_quote">On Sun, Aug 24, 2014 at 1:32 PM, Elaine Meng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Milo,<br>
You can script most of it with Chimera commands:<br>
<br>
activate torsion (do that part just once), increment torsion with “rotation”:<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/rotation.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/rotation.html</a>&gt;<br>
<br>
select atoms to be frozen (or not) in minimization with “select&quot;:<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/select.html#newer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/select.html#newer</a>&gt;<br>
<br>
“minimize” command:<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/minimize.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/minimize.html</a>&gt;<br>
<br>
That would still entail saving the Reply Log and editing it yourself.  For saving log contents, these previous posts may be useful:<br>
&lt;<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2008-October/003184.html" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2008-October/003184.html</a>&gt;<br>
&lt;<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2010-July/005367.html" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2010-July/005367.html</a>&gt;<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div><div><br>
On Aug 24, 2014, at 8:11 AM, Milo Westler &lt;<a href="mailto:milo@nmrfam.wisc.edu" target="_blank">milo@nmrfam.wisc.edu</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; Hi,<br>
&gt;   I want to to a potential energy scan of a dihedral (of a small organic molecule) by setting a dihedral angle, fixing those atoms involved, and doing a minimization. Then incrementing the angle and repeating. I can currently do all of this by using the gui (set torsion angle in build_structure,minimize with selected atoms fixed , then save and edit the final energies for each angle in reply log). I&#39;m sure that this can be done with python. I am wondering if there is an available script to do this all.  As input I would have a set of torsion angles and as output I would like a table of angle and energy.<br>



&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; -- Milo<br>
&gt; ===================================================<br>
&gt; National Magnetic Resonance Facility at Madison<br>
&gt;       An NIH-Supported Resource Center<br>
&gt;<br>
&gt; W. Milo Westler, Ph.D.<br>
&gt;<br>
&gt; NMRFAM Director<br>
&gt; Senior Scientist<br>
&gt;        and<br>
&gt; Adjunct Professor<br>
&gt; Department of Biochemistry<br>
&gt; University of Wisconsin-Madison<br>
&gt; DeLuca Biochemistry Laboratories<br>
&gt; 433 Babcock Drive<br>
&gt; Rm B160D<br>
&gt; Madison, WI USA 53706-1544<br>
&gt; EMAIL: <a href="mailto:milo@nmrfam.wisc.edu" target="_blank">milo@nmrfam.wisc.edu</a><br>
&gt; PHONE: <a href="tel:%28608%29-263-9599" value="+16082639599" target="_blank">(608)-263-9599</a><br>
&gt; FAX: <a href="tel:%28608%29-263-1722" value="+16082631722" target="_blank">(608)-263-1722</a><br>
&gt; ======================================================================= ========<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr">-- Milo<br>===================================================<br>National Magnetic Resonance Facility at Madison<br>      An NIH-Supported Resource Center<br>


<br>W. Milo Westler, Ph.D.<br><br>NMRFAM Director<br>Senior Scientist<br>       and<br>Adjunct Professor<br>Department of Biochemistry<br>University of Wisconsin-Madison<br>DeLuca Biochemistry Laboratories<br>433 Babcock Drive<br>


Rm B160D<br>Madison, WI USA 53706-1544<br>EMAIL: <a href="mailto:milo@nmrfam.wisc.edu" target="_blank">milo@nmrfam.wisc.edu</a><br>PHONE: <a href="tel:%28608%29-263-9599" value="+16082639599" target="_blank">(608)-263-9599</a><br>

FAX: <a href="tel:%28608%29-263-1722" value="+16082631722" target="_blank">(608)-263-1722</a><br>======================================================================= ========</div>

</div>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr">-- Milo<br>===================================================<br>National Magnetic Resonance Facility at Madison<br>      An NIH-Supported Resource Center<br>

<br>W. Milo Westler, Ph.D.<br><br>NMRFAM Director<br>Senior Scientist<br>       and<br>Adjunct Professor<br>Department of Biochemistry<br>University of Wisconsin-Madison<br>DeLuca Biochemistry Laboratories<br>433 Babcock Drive<br>

Rm B160D<br>Madison, WI USA 53706-1544<br>EMAIL: <a href="mailto:milo@nmrfam.wisc.edu" target="_blank">milo@nmrfam.wisc.edu</a><br>PHONE: (608)-263-9599<br>FAX: (608)-263-1722<br>======================================================================= ========</div>


</div>