<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Hereís the molmap capsid image.<div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div><br></div><div><img height="561" width="604" apple-width="yes" apple-height="yes" apple-inline="yes" id="1C8B1555-F5B5-476A-91D7-9BC024D44372" src="cid:73B2E773-523E-4F99-AC45-F4410FDDC619@cgl.ucsf.edu"></div><div><br></div><div><br><div><div>On Aug 22, 2014, at 2:25 PM, Tom Goddard &lt;<a href="mailto:goddard@sonic.net">goddard@sonic.net</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hi Jeremiah,<br><br> &nbsp;The STL export of your virus capsid multiscale model is giving just one asymmetric unit and that is a Chimera bug. &nbsp;Iíll make a bug report and see if I can fix that.<br><br> &nbsp;Hereís another suggestion about how to print it. &nbsp;Make a single density map for the entire capsid with the Chimera molmap command<br><br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>molmap #0 8 sym biomt <br><br>This makes an 8 Angstrom resolution map using the asymmetric unit of the capsid PDB model #0 and uses the symmetry specified in the PDB file BIOMT remarks. &nbsp;Iíve attached an image of what it looks like. &nbsp;If you print on a single color printer this surface exported as STL is likely to work better than the Chimera Multiscale surfaces which may not be touching enough to hold together. &nbsp;Also it gives a better (and very different) appearance because it is single color. &nbsp;You can try different resolution values and see what works best. &nbsp;The resolution of 3d printers isnít too good, so having too much detail doesnít produce the best printed model.<br><br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom<br><br><br>On Aug 22, 2014, at 10:33 AM, Hurt, Darrell (NIH/NIAID) [E] &nbsp;wrote:<br><br><blockquote type="cite">Hi Jeremiah,<br><br>I got a good import of your scene in Blender by exporting an OBJ from Chimera. Maybe give that a try. You can then convert to STL using Blender's tools.<br><br>Hope it helps!<br>Darrell<br><br><br>From: Jeremiah Gassensmith <br>Date: Friday, August 22, 2014 10:15 AM<br>To: "<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&lt;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&gt;" &lt;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&lt;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&gt;&gt;<br>Subject: [Chimera-users] 3D printing a viral capsid<br><br>Hello<br><br>Iím trying to produce an STL file from a model I have built in Chimera but it comes out incredibly deformed. &nbsp;I have created the model from a PDB file of a viral coat protein such that it is fully assembled into the proper capsid structure. &nbsp;You can see the model Iíve created here:<br><br><a href="https://dl.dropboxusercontent.com/u/9856122/CAPSID.py">https://dl.dropboxusercontent.com/u/9856122/CAPSID.py</a><br><br>Problem is, when I export to STL and open in Blender I get a squished unrecognizable ďclumpĒ looking thing and not a beautiful sphere. &nbsp;Any help would be lovely!<br><br>Thanks!<br>Jeremiah<br><br>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br>Chimera-users@cgl.ucsf.edu&lt;mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu&gt;<br>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br><br></blockquote><br></blockquote></div><br></div></body></html>