<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Hi Jeremiah,<div><br></div><div>&nbsp; The symmetry for your capsid is 222r, not 222. &nbsp;These both have 2-fold symmetry axes along x,y,z but they differ by a rotation by 90 degrees about z which puts the 5-fold symmetry axes in different locations. &nbsp;To figure out the right simmetry I used the Chimera Icosahedron Surface dialog (menu Tools / Higher-Order Structure) to show an icosahedral cage and then I try different standard orientations to find the one that matches.</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div><br></div><div><img height="561" width="604" apple-width="yes" apple-height="yes" apple-inline="yes" id="700014F4-228C-4CA9-A90B-8AC375981593" src="cid:77DCDED8-1984-4817-B900-3D3B854AAAE9@cgl.ucsf.edu"></div><div><br></div><div><br><div><div>On Aug 22, 2014, at 2:31 PM, Jeremiah Gassensmith &nbsp;wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Many thanks. &nbsp;Using the OBJ did indeed work to get it into Blender (Freeware) to convert it to STL.<div><br></div><div>Related to Tomís suggestion I tried (before I emailed the listserv):</div><div>&nbsp;</div><div>&gt;molmap #0 4 symmetry i,222</div><div><br></div><div>but Iím not sure why that didnít work (that should be the right symmetryÖ?) &nbsp;</div><div><br></div><div>molmap #0 4 sym biomt works, however.</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>Again, Many thanks.</div><div><br></div><div>Jeremiah<br><div apple-content-edited="true"><br>

</div>
<br><div><div>On Aug 22, 2014, at 4:27 PM, Tom Goddard &lt;<a href="mailto:goddard@sonic.net">goddard@sonic.net</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Hereís the molmap capsid image.<div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div><br></div><div><span>&lt;capsid.jpg&gt;</span></div><div><br></div><div><br><div><div>On Aug 22, 2014, at 2:25 PM, Tom Goddard &lt;<a href="mailto:goddard@sonic.net">goddard@sonic.net</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hi Jeremiah,<br><br> &nbsp;The STL export of your virus capsid multiscale model is giving just one asymmetric unit and that is a Chimera bug. &nbsp;Iíll make a bug report and see if I can fix that.<br><br> &nbsp;Hereís another suggestion about how to print it. &nbsp;Make a single density map for the entire capsid with the Chimera molmap command<br><br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>molmap #0 8 sym biomt <br><br>This makes an 8 Angstrom resolution map using the asymmetric unit of the capsid PDB model #0 and uses the symmetry specified in the PDB file BIOMT remarks. &nbsp;Iíve attached an image of what it looks like. &nbsp;If you print on a single color printer this surface exported as STL is likely to work better than the Chimera Multiscale surfaces which may not be touching enough to hold together. &nbsp;Also it gives a better (and very different) appearance because it is single color. &nbsp;You can try different resolution values and see what works best. &nbsp;The resolution of 3d printers isnít too good, so having too much detail doesnít produce the best printed model.<br><br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom<br><br><br>On Aug 22, 2014, at 10:33 AM, Hurt, Darrell (NIH/NIAID) [E] &nbsp;wrote:<br><br><blockquote type="cite">Hi Jeremiah,<br><br>I got a good import of your scene in Blender by exporting an OBJ from Chimera. Maybe give that a try. You can then convert to STL using Blender's tools.<br><br>Hope it helps!<br>Darrell<br><br><br>From: Jeremiah Gassensmith <br>Date: Friday, August 22, 2014 10:15 AM<br>To: "<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&lt;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&gt;" &lt;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&lt;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&gt;&gt;<br>Subject: [Chimera-users] 3D printing a viral capsid<br><br>Hello<br><br>Iím trying to produce an STL file from a model I have built in Chimera but it comes out incredibly deformed. &nbsp;I have created the model from a PDB file of a viral coat protein such that it is fully assembled into the proper capsid structure. &nbsp;You can see the model Iíve created here:<br><br><a href="https://dl.dropboxusercontent.com/u/9856122/CAPSID.py">https://dl.dropboxusercontent.com/u/9856122/CAPSID.py</a><br><br>Problem is, when I export to STL and open in Blender I get a squished unrecognizable ďclumpĒ looking thing and not a beautiful sphere. &nbsp;Any help would be lovely!<br><br>Thanks!<br>Jeremiah<br><br>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&lt;<a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br><br></blockquote><br></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br></div></body></html>