<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 12pt;
font-family:Calibri
}
--></style></head>
<body class='hmmessage'><div dir='ltr'><div>Hi</div><div><br></div><div>First of all, thanks for the answers. You have a great software and a great support. The Eric's solution was exactly what I was looking for, and worked perfectly.&nbsp;</div><div><br></div><div>Many Thanks again</div><div>Marcus Mendes</div><br><div><hr id="stopSpelling">Subject: Re: [Chimera-users] Ligand Problem<br>From: pett@cgl.ucsf.edu<br>Date: Thu, 14 Aug 2014 11:47:48 -0700<br>CC: chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>To: cla_atm_milo@hotmail.com<br><br>Hi Marcus,<div><span class="ecxApple-tab-span" style="white-space:pre;">        </span>There is no preference or control for this in the normal Chimera interface, but all things are possible in Python. &nbsp;The line of Python code that checks that ligands are less than 10 residues is line 169 in &lt;your Chimera&gt;/share/Categorizer/__init__.py . &nbsp;Change the '10' in that line to whatever value works for you and save the file. &nbsp;Subsequent uses of Chimera will use the lower value.</div><div><span class="ecxApple-tab-span" style="white-space:pre;">        </span>If you are using a Mac, then "&lt;your Chimera&gt;" is Chimera.app/Contents/Resources. &nbsp;You will have to right click on Chimera.app in the Finder and choose "Show Package Contents" to get to the folders inside Chimera.app.</div><div><br></div><div>--Eric</div><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;Eric Pettersen<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;UCSF Computer Graphics Lab<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu</a><br><br>P.S. &nbsp;All of Elaine's suggestions are also good approaches.<div><br><div><div><div><div>On Aug 14, 2014, at 11:13 AM, "Marcus Fabiano A. Mendes" &lt;cla_atm_milo@hotmail.com&gt; wrote:</div><br class="ecxApple-interchange-newline"><blockquote><div class="ecxhmmessage" style="font-size:medium;font-family:Calibri;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;orphans:2;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;widows:2;word-spacing:0px;"><div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>My Name is Marcus, and I am a huge fan of Chimera. Currently, I'm using Chimera to visualize p:MHC complex and it's electrostatic potential map. p:MHC occurs as an  chain composed of three domains - 1, 2, 3, 2 microglobulin and a ligand present in the groove. Chimera automatically recognizes the epitope as a ligand, since they have on average less than 10 amino acids. There's someway to make the Chimera don't recognizes this epitope as a ligand? A option to set the parameters that Chimera uses (ligand = &lt;10 amino acids)?</div><div><br></div><div>Thanks for All</div><div><br></div><div>Sincerely</div><div>Marcus Mendes</div></div>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br></div></blockquote></div><br></div><br><br><div>
</div>
<br></div></div></div>                                               </div></body>
</html>