<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=iso-8859-7"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Marcus,<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>There is no preference or control for this in the normal Chimera interface, but all things are possible in Python. &nbsp;The line of Python code that checks that ligands are less than 10 residues is line 169 in &lt;your Chimera&gt;/share/Categorizer/__init__.py . &nbsp;Change the '10' in that line to whatever value works for you and save the file. &nbsp;Subsequent uses of Chimera will use the lower value.</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>If you are using a Mac, then "&lt;your Chimera&gt;" is Chimera.app/Contents/Resources. &nbsp;You will have to right click on Chimera.app in the Finder and choose "Show Package Contents" to get to the folders inside Chimera.app.</div><div><br></div><div>--Eric</div><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;Eric Pettersen<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;UCSF Computer Graphics Lab<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a><br><br>P.S. &nbsp;All of Elaine's suggestions are also good approaches.<div><br><div><div><div><div>On Aug 14, 2014, at 11:13 AM, "Marcus Fabiano A. Mendes" &lt;cla_atm_milo@hotmail.com&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div class="hmmessage" style="font-size: medium; font-family: Calibri; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>My Name is Marcus, and I am a huge fan of Chimera. Currently, I'm using Chimera to visualize p:MHC complex and it's electrostatic potential map. p:MHC occurs as an  chain composed of three domains - 1, 2, 3, 2 microglobulin and a ligand present in the groove. Chimera automatically recognizes the epitope as a ligand, since they have on average less than 10 amino acids. There's someway to make the Chimera don't recognizes this epitope as a ligand? A option to set the parameters that Chimera uses (ligand = &lt;10 amino acids)?</div><div><br></div><div>Thanks for All</div><div><br></div><div>Sincerely</div><div>Marcus Mendes</div></div>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br></div></blockquote></div><br></div><br><br><div apple-content-edited="true">
</div>
<br></div></div></body></html>