<div dir="ltr"><div>Hey there, whenever I try to do a minimisation of a ligand in presence of protein, with a few residues selected as flexible , rest held as rigid, I get past the adding hydrogen box, but it always has a error saying it cant calculate partial charge for the first N-terminal residue, N atom , for example. If I try and delete that residue, it just moves up and says it cant do it for the second one. The PDB file seems fine, and I have opened in Discovery studio and seen it has partial charges assigned fine. Can you enlighten me on what maybe going wrong? I am using the latest build of Chimera.</div>
<div> </div><div>PDB is 1BW9 chain A (only one conformation chosen in multiple conformation residue positions).</div><div>The ligand is the PPY inside.</div><div>the flexible residues are all those 5A away apart from NAD.<br clear="all">
<br>-- <br></div><div dir="ltr"><div>Dr. Ahir Pushpanath<b> PhD.</b><br>Senior Biologist,<br></div>Johnson Matthey.<br><div><div><br><br></div></div></div>
</div>