<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Thomas,<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>In your openModels.open() call you need to tell Chimera what type of file it is since it has no prefix or suffix. &nbsp;So change it from openModels.open('2OID') to openModels.open('2OID', type='PDBID').</div><div><br></div><div>--Eric</div><div><div><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;Eric Pettersen<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;UCSF Computer Graphics Lab<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a><br><br></div><div><div>On Aug 2, 2014, at 12:33 PM, Thomas Hrabe &lt;<a href="mailto:thrabe@sanfordburnham.org">thrabe@sanfordburnham.org</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">

<div>
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:10pt;">
<div class="PlainText">Sorry, I didnt realize I sent the pyc file. Hereís the py file<br>
<br>
<br>
</div>
</span></font></div>
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:10pt;">
<div class="PlainText"><br>
<br>
<br>
On Aug 2, 2014, at 12:29 PM, Elaine Meng &lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; Hi Thomas,<br>
&gt; This is a little out of my area, but my understanding is that the filename extension .py or .pyc will be recognized automatically as Python.&nbsp; I find this is true for .py as well as my locally (on this computer) generated .pyc files, but not for the file that
 you sent.&nbsp; I donít know what is different about the file you sent, or whether it could be ascribed to .pyc not being compatible between different platforms.<br>
&gt; <br>
&gt; Hereís the list of Chimera filetypes and corresponding filename suffixes (and prefixes that could be used in the open command when the suffix isnít present):<br>
&gt; &lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/filetypes.html">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/filetypes.html</a>&gt;<br>
&gt; <br>
&gt; Maybe try linking the py file instead?&nbsp; Sorry I donít have a more definitive answer.&nbsp; Maybe the others can chime in (eventually).<br>
&gt; Best,<br>
&gt; Elaine<br>
&gt; -----<br>
&gt; Elaine C. Meng, Ph.D.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
&gt; UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
&gt; Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
&gt; University of California, San Francisco<br>
&gt; <br>
&gt; On Aug 2, 2014, at 12:01 PM, Thomas Hrabe &lt;<a href="mailto:thrabe@sanfordburnham.org">thrabe@sanfordburnham.org</a>&gt; wrote:<br>
&gt; <br>
&gt;&gt; Hi everyone,<br>
&gt;&gt; I have a donwload option on our page for chimera python scripts - one example is attached.<br>
&gt;&gt; When you open it, chimera asks for the filetype. How can I hardocde itís a PDB file?<br>
&gt;&gt; Thanks,<br>
&gt;&gt; Thomas<br>
&gt;&gt; &lt;chimeraMutationFrequency4DKXB.pyc&gt;<br>
<br>
</div>
</span></font></div>
</div>

<span>&lt;chimeraMutationFrequency2OIDA.py&gt;</span>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br></blockquote></div><br></div><br><br></body></html>