<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div>Dear Friends,<br></div>      I completed the simulation of peptide ligand and receptor in gromacs. <br></div>I want to make the simulation movie.  I am using latest version of chimera.<br>
</div><div>I also converted the trajectory files into single pdb movie in gromacs.<br></div> I did following process:<br><br></div>1.  Through tool----&gt; Md movie-- <br></div>     I choose the gromacs option and load the tpr and trr/xtc files.<br>
</div>      But the software shows that  the memory is not enough. <br></div><div>     ( Frame 4000 and atoms 8000)<br></div><div> <br><br></div>2.  For second time I chose the PDB option for Mdvie. I load the PDB &amp;<br>
</div>      now I am getting following message : <br></div>      Residue 4.C not in the first model on line 17718 of Md.pdb file.<br><br></div><div>          I am pasting the few lines of md.pdb starting from line 17718 <br>
<br></div><div>ATOM   8852  N   NH2 C   4      61.241  96.447  51.027  1.00  0.00            <br>ATOM   8853  H1  NH2 C   4      61.539  97.208  50.457  1.00  0.00            <br>ATOM   8854  H2  NH2 C   4      61.923  95.899  51.517  1.00  0.00            <br>
END<br><br><br><br></div><div>Could you please help me in the above problem,<br></div><div>I will be a very thankful to you for your help.<br>This is very Important movie for my work.<br><br></div><div>I am looking for reply,<br>
<br></div><div>With best Wishes<br></div><div>Rama David<br></div>     <br></div>