<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=iso-8859-2"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div>On Jul 14, 2014, at 8:57 AM, "Marek Maly" &lt;<a href="mailto:marek.maly@ujep.cz">marek.maly@ujep.cz</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hellow,<br><br>I just visualized my Amber MD trajectory with protein containing<br>several disulfide bonds. These bonds as well as all the other bonds are<br>written in the given Amber topology (*.prmtop) file, which is read in<br>by Chimera. Moreover the distance of sulfur atoms connected by disulfide bond<br>is in all cases quite reasonable ( 2-2.1 A). In spite these facts Chimera<br>draws some of those bonds in "stick" and some of them in "dashed line" style,<br>even if one sets globally "stick" or "ball &amp; stick" representation.<br>Please see the attached illustrations.<br><br>Why Chimera is doing such unwanted differences in graphical representations here ?<br><br>It is possible, to force Chimera to draw all of those bonds unanimously in "stick"<br>representation ?</blockquote><br></div><div>Hi Marek,</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>My best guess is that Chimera is mistakenly converting some of the the disulphide bonds into "missing structure" pseudobonds, which are supposed to be used to represent parts of a chain that missing because is couldn't be located in the experimental data -- which obviously is <i>not</i>&nbsp;the case here! &nbsp;The workaround to make those pseudobonds be depicted as stick is to open the Pseudobond Panel (in Tools/General Controls) and the double click on the "missing structure" group to bring up its attribute inspector. &nbsp;In that inspector, click the check box next to "Component Pseudobond Attributes" to reveal those options and then change "bond style" from wire to stick. &nbsp;There is an equivalent command: &nbsp;"setattr pb drawMode 1".</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Obviously the better solution is to have Chimera not make this mistake in the first place. &nbsp;As far as I know it shouldn't be already. &nbsp;So, I would need your prmtop file and at least a subset of your coordinate file in order to investigate. &nbsp;Also, what version of Chimera are you using?</div><div><br></div><div>--Eric</div><br><div apple-content-edited="true">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 16px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>Eric Pettersen</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>UCSF Computer Graphics Lab</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;</span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></p><br class="Apple-interchange-newline"></span>
</div>
<br></body></html>