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nText>>> <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> To find out EMDB ID numbers, I looked at the (open access) citation given in that PDB page:<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> P22 coat protein structures reveal a novel mechanism for capsid maturation: stability without auxiliary proteins or chemical crosslinks.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> Parent KN, Khayat R, Tu LH, Suhanovsky MM, Cortines JR, Teschke CM, Johnson JE, Baker TS.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> Structure. 2010 Mar 10;18(3):390-401<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> <<a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0969212610000328"><span style='color:windowtext;text-decoration:none'>http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0969212610000328</span></a>><o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> °≠ which gives accession numbers EMD-4159 (for "ExH particles," you <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> would need to read the paper for explanation) and EMD-4150.  In <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> Chimera you can fetch EMDB entries with menu: File°≠ Fetch by ID, <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> database: EMDB, or command, e.g.: open emdbID:4159<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> Unfortunately, I see that those entries are not found!!!  I don't know why.  I also could not find them at the EMDB website.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> So, my only idea to get a map is the 2-step process above.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> Or, without making a map, you can show the capsid with each subunit as a "blob" using Multiscale Models (in menu under Tools°≠ Higher-Order Structure).  The images at the PDB are similar to that:<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> <<a href="http://www.rcsb.org/pdb/explore/images.do?structureId=3IYI"><span style='color:windowtext;text-decoration:none'>http://www.rcsb.org/pdb/explore/images.do?structureId=3IYI</span></a>><o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> I hope this helps,<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> Elaine<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> ----------<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> Elaine C. Meng, Ph.D.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab Department <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> of Pharmaceutical Chemistry University of California, San Francisco<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> On Jun 24, 2014, at 7:49 AM, "Jian Guan" <<a href="mailto:jug25@psu.edu"><span style='color:windowtext;text-decoration:none'>jug25@psu.edu</span></a>> wrote:<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>>> Dear All,<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>>> I want to make a capsid map from asymmetry unit. The PDB ID is 3iyj, the L1 protein of BPV. The BPV is a T=7, icosahedral capsid. Does anybody know how to make it? Thanks a lot.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>>> Sincerely yours,<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>>> Jian<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> _______________________________________________<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> Chimera-users mailing list<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu"><span style='color:windowtext;text-decoration:none'>Chimera-users@cgl.ucsf.edu</span></a><o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>>> <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users"><span style='color:windowtext;text-decoration:none'>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</span></a><o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>> _______________________________________________<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>> Chimera-users mailing list<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>> <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu"><span style='color:windowtext;text-decoration:none'>Chimera-users@cgl.ucsf.edu</span></a><o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>> <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users"><span style='color:windowtext;text-decoration:none'>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</span></a><o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>> <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p></div></body></html>