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gt;&gt; &lt;<a href="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=3iyi"><span style='color:windowtext;text-decoration:none'>http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=3iyi</span></a>&gt;<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; To find out EMDB ID numbers, I looked at the (open access) citation given in that PDB page:<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; P22 coat protein structures reveal a novel mechanism for capsid maturation: stability without auxiliary proteins or chemical crosslinks.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; Parent KN, Khayat R, Tu LH, Suhanovsky MM, Cortines JR, Teschke CM, Johnson JE, Baker TS.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; Structure. 2010 Mar 10;18(3):390-401<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; &lt;<a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0969212610000328"><span style='color:windowtext;text-decoration:none'>http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0969212610000328</span></a>&gt;<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; °≠ which gives accession numbers EMD-4159 (for &quot;ExH particles,&quot; you <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; would need to read the paper for explanation) and EMD-4150.&nbsp; In <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; Chimera you can fetch EMDB entries with menu: File°≠ Fetch by ID, <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; database: EMDB, or command, e.g.: open emdbID:4159<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; Unfortunately, I see that those entries are not found!!!&nbsp; I don't know why.&nbsp; I also could not find them at the EMDB website.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; So, my only idea to get a map is the 2-step process above.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; Or, without making a map, you can show the capsid with each subunit as a &quot;blob&quot; using Multiscale Models (in menu under Tools°≠ Higher-Order Structure).&nbsp; The images at the PDB are similar to that:<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; &lt;<a href="http://www.rcsb.org/pdb/explore/images.do?structureId=3IYI"><span style='color:windowtext;text-decoration:none'>http://www.rcsb.org/pdb/explore/images.do?structureId=3IYI</span></a>&gt;<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; I hope this helps,<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; Elaine<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; ----------<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; Elaine C. Meng, Ph.D.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab Department <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; of Pharmaceutical Chemistry University of California, San Francisco<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; On Jun 24, 2014, at 7:49 AM, &quot;Jian Guan&quot; &lt;<a href="mailto:jug25@psu.edu"><span style='color:windowtext;text-decoration:none'>jug25@psu.edu</span></a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt;&gt; Dear All,<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt;&gt; I want to make a capsid map from asymmetry unit. The PDB ID is 3iyj, the L1 protein of BPV. The BPV is a T=7, icosahedral capsid. Does anybody know how to make it? Thanks a lot.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt;&gt; Sincerely yours,<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt;&gt; Jian<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; _______________________________________________<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; Chimera-users mailing list<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu"><span style='color:windowtext;text-decoration:none'>Chimera-users@cgl.ucsf.edu</span></a><o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt;&gt; <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users"><span style='color:windowtext;text-decoration:none'>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</span></a><o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; _______________________________________________<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; Chimera-users mailing list<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu"><span style='color:windowtext;text-decoration:none'>Chimera-users@cgl.ucsf.edu</span></a><o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users"><span style='color:windowtext;text-decoration:none'>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</span></a><o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p></div></body></html>