<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Shana,<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Well, you might be able to get away with just setting that atom's "name" attribute to "SD", but since you are writing Python code anyway and residues hold their atoms in a name-indexed structure, it would be better to do it the right way by removing the atom from the residue, renaming it, and putting it back. &nbsp;Assuming you have the CYS residue in a variable named 'cys':</div><div><br></div><div>s = cys.findAtom("SG")</div><div>cys.removeAtom(s)</div><div>s.name = "SD"</div><div>cys.addAtom(s)</div><div><br></div><div>--Eric</div><div><br><div><div>On Jun 19, 2014, at 11:25 AM, Shana Burstein &lt;<a href="mailto:sburstei@haverford.edu">sburstei@haverford.edu</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div dir="ltr">Hi Eric,<div>I was able to move the CN atoms from the CN residue to the CYS residue and call it MSCN. I actually need it to be called MSCN in order for the modified residue to be recognized by a force field in an MD simulation. My only problem now is that the S atom of cysteine is labeled as "SG" and I need it to be called "SD." I know how to do this by going through the Tool menu, but is there a way to automate that?</div>
<div><br></div><div>Thanks,</div><div>Shana</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 18, 2014 at 2:35 PM, Eric Pettersen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi Shana,<div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>If you were starting from scratch, the procedure to add the CN would probably be simpler by using chimera.molEdit.addDihedralAtom() to add the C and then the N at the appropriate bond length, angle and dihedral and then rename the residue with: r.type = "MSCN". &nbsp;Nonetheless, you have come a long way down the road with your script and probably would not prefer to start over from scratch! &nbsp;So let's suppose you have your two relevant Residue instances in variables named 'cys' and 'cn'. &nbsp;The code to do what you want would be:</div>
<div><br></div><div>for a in cn.atoms:</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>cn.removeAtom(a)</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>cys.addAtom(a)</div><div>cys.type = "MSCN"</div><div>
# empty residues are problematic in various parts of Chimera, so...</div><div>cn.molecule.deleteResidue(cn)</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>If you don't know how to get the 'cys' and 'cn' variables but you know an atom specifier that selects each, you can use this code to set the variables:</div>
<div><br></div><div>runCommand("sel <i>atom-spec-for-cys</i>")</div><div>cys = chimera.selection.currentResidues()[0]</div><div>runCommand("sel <i>atom-spec-for-cn</i>")</div><div>cn = chimera.selection.currentResidues()[0]</div>
<div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>There's a couple of further relevant things here. &nbsp;Strictly speaking, 4-letter residue names are not legal in PDB format (while there is a column where a 4th character could go, according to the format definition that column is supposed to be blank). &nbsp;Therefore if you export your modified structure to other software programs, they may or may not be able to handle the 4-character residue name without problems. &nbsp;Therefore I recommend you use the same residue name that the PDB uses for this moiety, 4CY (which can be found in the 3or0 entry).</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>Along the same lines, 4CY can actually be found in the SwissSidechain rotamer library plugin for Chimera (<a href="http://www.swisssidechain.ch/visualization/chimera.html" target="_blank">SwissSidechain - A database of non-natural side chains</a>) and therefore if you install that plugin then the entire substitution process becomes a single command: &nbsp;swapnaa 4CY <i>cysteine-atom-spec</i>.</div>
<div><br></div><div>--Eric</div><div><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;Eric Pettersen<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;UCSF Computer Graphics Lab<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu</a><br>
<br></div><div><div><div><div class="h5"><div>On Jun 18, 2014, at 6:50 AM, Shana Burstein &lt;<a href="mailto:sburstei@haverford.edu" target="_blank">sburstei@haverford.edu</a>&gt; wrote:</div><br></div></div><blockquote type="cite">
<div><div class="h5"><div dir="ltr">Hello,<div>I am an undergraduate student at Haverford College and I am attempting to attach thiocyanate probes onto different sites along a protein by first replacing the existing amino acid with a cysteine and then by adding a C and N onto the S- of the Cys residue. I know it is possible to carry this out manually using Tools&gt;Structure Editing&gt;Modify Structure, but I am hoping to automate this process by calling an external .py script that will primarily contain a list of preexisting Chimera commands.&nbsp;</div>


<div><br></div><div>I have been successful at converting the targeted amino acid to Cys using "swapaa," building a CN residue called MSCN (using the createMolecule.py as a guide), combining the two models into one ("combine selected close True") and forming a bond between the Cys S and CN C atoms ("bond"). </div>


<div><br></div><div>At this point, I am seeking help in automating the renaming of the modified residue to MSCN. Currently, Chimera sees this residue as two different separate residues called CYS and MSCN. Is there a way to combine these two structures so that the label corresponds to MSCN and the residue number corresponds to CYS?&nbsp;</div>


<div><br></div><div>Sincerely,</div><div><br></div><div>Shana Burstein</div><div>Haverford College '15</div></div></div></div>
_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
</blockquote></div><br></div><br><br></div></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div></body></html>