<div dir="ltr">Hello,<div>I am an undergraduate student at Haverford College and I am attempting to attach thiocyanate probes onto different sites along a protein by first replacing the existing amino acid with a cysteine and then by adding a C and N onto the S- of the Cys residue. I know it is possible to carry this out manually using Tools&gt;Structure Editing&gt;Modify Structure, but I am hoping to automate this process by calling an external .py script that will primarily contain a list of preexisting Chimera commands. </div>

<div><br></div><div>I have been successful at converting the targeted amino acid to Cys using &quot;swapaa,&quot; building a CN residue called MSCN (using the createMolecule.py as a guide), combining the two models into one (&quot;combine selected close True&quot;) and forming a bond between the Cys S and CN C atoms (&quot;bond&quot;). </div>

<div><br></div><div>At this point, I am seeking help in automating the renaming of the modified residue to MSCN. Currently, Chimera sees this residue as two different separate residues called CYS and MSCN. Is there a way to combine these two structures so that the label corresponds to MSCN and the residue number corresponds to CYS? </div>

<div><br></div><div>Sincerely,</div><div><br></div><div>Shana Burstein</div><div>Haverford College &#39;15</div></div>