<div dir="ltr">Oh, I see. I am not familiar with wrappers and those &quot;nasty&quot; things, but I do guess they&#39;re a nightmare to deal with!<div><br></div><div>For now, I will stick with a dirty workaround I figured out last night. The molecule itself will be an attribute of the Compound, so it is now available as `Compound.m`. Not perfect, but close :)</div>


<div><br></div><div>Thanks for the help!</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2014-06-13 0:58 GMT+02:00 Eric Pettersen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span>:<br>


<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">If you <i>had</i> to do something during Compound/Molecule initialization, you might be able to fake it by listening to the Molecule trigger and doing something to Molecules in the &#39;created&#39; category.  Pretty horrible I know, but desperate times call for desperate measures…<div>


<br></div><div>--Eric</div><div><br><div><div><div><div>On Jun 12, 2014, at 3:49 PM, Greg Couch &lt;<a href="mailto:gregc@cgl.ucsf.edu" target="_blank">gregc@cgl.ucsf.edu</a>&gt; wrote:</div><br></div></div><blockquote type="cite">


<div><div>
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div>Molecules can not be subclassed (it is
      a Python wrapper around a C++ class), but they can be extended
      with custom methods and attributes by adding those methods and
      attributes to the Python Molecule class.  You can see some
      examples of that in chimera/__init__.py, Molecule.sequence is from
      another module, and Molecule.metalComplexGroup is defined within
      the file.  Unfortunately, it is not possible to extend Molecule&#39;s
      __init__ function.<br>
      <br>
          HTH,<br>
      <br>
          Greg<br>
      <br>
      On 06/12/2014 09:33 AM, Jaime Rodríguez-Guerra wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      <div dir="ltr">Hello,
        <div><br>
        </div>
        <div>I am trying to extend the chimera.Molecule class() to add a
          few methods and attributes, but the followin error arises:</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>
          <div>TypeError: Error when calling the metaclass bases</div>
          <div>    type &#39;_molecule.Molecule&#39; is not an acceptable base
            type</div>
          <div><br>
          </div>
          <div>  File &quot;/home/jr/x/gaudi/gaudi/molecule.py&quot;, line 51, in
            &lt;module&gt;</div>
          <div>    class Compound(chimera.Molecule):</div>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Is there any workaround? I want my Compound objects to
          behave like standard chimera Molecules (with all their
          attributes and stuff), and also be able to call custom methods
          on that Molecule.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Thanks in advance,</div>
        <div>Jaime.</div>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div></div>

_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>


</blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br></div></div>