<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>thank you for your answer, but I&#39;m not sure if this is what I need. When I did it by mouse clicking I did my alignments without superimposing structures.</div><div><br></div><div>
I did:</div><div>Favourites -&gt; sequence</div><div>then selected first one out of two, and then edit -&gt; Add sequence -&gt; from structure tab</div><div>here selected second structure, and checked &quot;Include secondary structure score (30%)&quot;, and apply. The final alignment is much better in my case, than those made by match -&gt; align. Results in printscreen below.</div>
<div><br></div><div>Is there a way to do this by script?</div><div><br></div><div><img src="cid:ii_146943625c3cc1a1" alt="Obraz w treści 1" width="472" height="295"><br></div><div><br></div><div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
--</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">yours sincerely</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Michael Kadlof</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">University of Warsaw</div>
</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2014-05-21 22:01 GMT+02:00 Eric Pettersen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word"><div class=""><div><div>On May 21, 2014, at 3:54 AM, Michał Kadlof &lt;<a href="mailto:ramidas@gmail.com" target="_blank">ramidas@gmail.com</a>&gt; wrote:</div><br><blockquote type="cite">
<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I would like to ask if there is any quick way to make aligment (with secondary structure score included) beetwen two homologous protein structures, and save them in Stockholm format (information about missing residues is needed). I have houndreds of such pairs, and it would be very helpfull to do it by script for headless Chimera.</div>
</div></blockquote><br></div></div><div>Hi Michał,</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>Well, depending on your definition of &quot;quick&quot;, the answer is a qualified yes.  The first thing would be to look through this primer for looping through data files and doing things with them in Chimera:</div>
<div><br></div><div><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ProgrammersGuide/basicPrimer.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ProgrammersGuide/basicPrimer.html</a></div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>The second thing to know is that you can superimpose two structures (with secondary structures considered) with the &quot;matchmaker&quot; (or &quot;mm&quot;) command.  Type &quot;help matchmaker&quot; in Chimera&#39;s command line to see the help page with the command&#39;s options.</div>
<span style="white-space:pre-wrap">        </span>The tricky part is running Match-&gt;Align to generate an alignment based on the superposition without using the graphical interface, and then saving the results in Stockholm format.  You will need to use the Python interface to Match-&gt;Align, basically:<div>
<br></div><div>from StructSeqAlign import makeAlignment</div><div>seqs = makeAlignment(chains, makeMAV=False)</div><div>class fakeMAV:</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>fileAttrs = {}</div><div>from MultAlignViewer.formatters import saveStockholm</div>
<div>f = open(&quot;output.sto&quot;, &quot;w&quot;)</div><div>saveStockholm.save(f, fakeMAV(), seqs, {})</div><div>f.close()</div><div><br></div><div>Note that makeAlignment() has additional optional arguments for changing the alignment parameters from their defaults.  If you look at the code I think they&#39;re reasonably self-explanatory (e.g. circular=True/False).</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>So the main question is what is the &#39;chains&#39; argument to the makeAlignment() call?  Well, it&#39;s a list of the chains you want in the alignment.  Let&#39;s say you want to match chain A from model 0 to chain B of model 1.  You&#39;d need code like this (which assumes you have just those two models open):</div>
<div><br></div><div>from chimera import openModels, Molecule</div><div>models = openModels.list(modelTypes=[Molecule])</div><div>if models[0].id == 0:</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>m0, m1 = models</div>
<div>else:</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>m1, m0 = models</div><div>chains = [m0.sequence(&#39;A&#39;), m1.sequence(&#39;B&#39;)]</div><div><br></div><div>--Eric</div><br><div>
<span style="border-collapse:separate;border-spacing:0px 0px;color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:16px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px">
<font face="Helvetica" size="5" style="font:16.0px Helvetica"><span>                       <span> </span></span>Eric Pettersen</font></p><p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font:16.0px Helvetica"><span>                       <span> </span></span>UCSF Computer Graphics Lab</font></p>
<p style="margin:0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font:16.0px Helvetica"><span>                        </span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></p>
<br></span>
</div>
<br></div></blockquote></div><br></div></div>