<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">If you <i>had</i>&nbsp;to do something during Compound/Molecule initialization, you might be able to fake it by listening to the Molecule trigger and doing something to Molecules in the 'created' category. &nbsp;Pretty horrible I know, but desperate times call for desperate measures…<div><br></div><div>--Eric</div><div><br><div><div>On Jun 12, 2014, at 3:49 PM, Greg Couch &lt;<a href="mailto:gregc@cgl.ucsf.edu">gregc@cgl.ucsf.edu</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">
  
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Molecules can not be subclassed (it is
      a Python wrapper around a C++ class), but they can be extended
      with custom methods and attributes by adding those methods and
      attributes to the Python Molecule class.&nbsp; You can see some
      examples of that in chimera/__init__.py, Molecule.sequence is from
      another module, and Molecule.metalComplexGroup is defined within
      the file.&nbsp; Unfortunately, it is not possible to extend Molecule's
      __init__ function.<br>
      <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; HTH,<br>
      <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; Greg<br>
      <br>
      On 06/12/2014 09:33 AM, Jaime Rodríguez-Guerra wrote:<br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:CAM2AJuKS01AAwk-k7ysJ=3HDEVkATKJkNCfhVWkY9Gwt8Cz4cQ@mail.gmail.com" type="cite">
      <div dir="ltr">Hello,
        <div><br>
        </div>
        <div>I am trying to extend the chimera.Molecule class() to add a
          few methods and attributes, but the followin error arises:</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>
          <div>TypeError: Error when calling the metaclass bases</div>
          <div>&nbsp; &nbsp; type '_molecule.Molecule' is not an acceptable base
            type</div>
          <div><br>
          </div>
          <div>&nbsp; File "/home/jr/x/gaudi/gaudi/molecule.py", line 51, in
            &lt;module&gt;</div>
          <div>&nbsp; &nbsp; class Compound(chimera.Molecule):</div>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Is there any workaround? I want my Compound objects to
          behave like standard chimera Molecules (with all their
          attributes and stuff), and also be able to call custom methods
          on that Molecule.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Thanks in advance,</div>
        <div>Jaime.</div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br></blockquote></div><br></div></body></html>