<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div>On Jun 5, 2014, at 7:38 AM, sapeptides &lt;<a href="mailto:sapeptides@gmail.com">sapeptides@gmail.com</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra">Hi Erik,</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">I'm writing because I have noticed that in the new versions of chimera when I create a surface and then try to "cut" it (with the side view tool) to see inside the model I obtain this weird picture (attached), whereas in the old versions (how old I do not remember but I created a stunning images of various active sites) it was possible to check all the cavities inside the molecular structures.</div>
<div class="gmail_extra">I was wondering if you could suggest how to visualize pockets and clefts when the vdw or solvent accessible surface is present.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Thanks a lot!</div>
<div class="gmail_extra">Susanna</div></div></blockquote><br></div><div><br></div><img id="9dceca60-9bd1-4669-abf7-fb0d489d8f63" height="704" width="1097" apple-width="yes" apple-height="yes" src="cid:5FD0E5FB-C6E7-4531-9FFD-03CBAA5B0D0E@cgl.ucsf.edu"><div><br></div><div>Hi Susanna,</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>It's best to send questions like this to the chimera-users list rather than me directly so that others can benefit from the answer and since I may not actually be the best person to answer the question. &nbsp;For instance, I have no good ideas about showing cavities effectively with VDW or solvent-accessible surfaces and hope someone else can chime in there.</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>As for the lack of cavities in your image, did Chimera issue a warning when it computed the surface saying that "[c]alculation of some surface components failed" and that "[a] single component of the surface was calculated"? &nbsp;If so, that means that calculation of interior cavities failed and Chimera is showing the exterior surface only (which the error message does say if you read it in its entirety). &nbsp;That would produce the lack of interior cavities you observed. &nbsp;If you didn't get such a message, can you supply the PDB ID for this structure (or PDB file) so I can investigate? &nbsp;Thanks!</div><div><br></div><div>--Eric</div><div><br></div><div apple-content-edited="true">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 16px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>Eric Pettersen</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>UCSF Computer Graphics Lab</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;</span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></p><br class="Apple-interchange-newline"></span>
</div>
<br></body></html>