<div dir="ltr">Thank you very much!!! It worked. Sorry for this stupid question!<div><br></div><div>susanna</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 5, 2014 at 9:15 PM, Tom Goddard <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:goddard@sonic.net" target="_blank">goddard@sonic.net</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi Susanna,<div><br></div><div>  I think you mean that the solid tan surface where you cut the molecule is blocking your view inside.  That is a feature added to Chimera many years ago to make the cut object look solid.  To undisplay that flat surface in the Side View dialog press the “Surface capping…” button and click off “Cap surfaces at clip planes”.</div>
<div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>Tom</div><div><br></div><div><br></div><div><div class="">On Jun 5, 2014, at 11:58 AM, Eric Pettersen &lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt; wrote:</div>
<div><br><blockquote type="cite"><div style="word-wrap:break-word"><div class=""><div><div>On Jun 5, 2014, at 7:38 AM, sapeptides &lt;<a href="mailto:sapeptides@gmail.com" target="_blank">sapeptides@gmail.com</a>&gt; wrote:</div>
<br><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra">Hi Erik,</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">I&#39;m writing because I have noticed that in the new versions of chimera when I create a surface and then try to &quot;cut&quot; it (with the side view tool) to see inside the model I obtain this weird picture (attached), whereas in the old versions (how old I do not remember but I created a stunning images of various active sites) it was possible to check all the cavities inside the molecular structures.</div>

<div class="gmail_extra">I was wondering if you could suggest how to visualize pockets and clefts when the vdw or solvent accessible surface is present.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Thanks a lot!</div>

<div class="gmail_extra">Susanna</div></div></blockquote><br></div><div><br></div></div><span>&lt;test1.png&gt;</span><div class=""><div><br></div><div>Hi Susanna,</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>It&#39;s best to send questions like this to the chimera-users list rather than me directly so that others can benefit from the answer and since I may not actually be the best person to answer the question.  For instance, I have no good ideas about showing cavities effectively with VDW or solvent-accessible surfaces and hope someone else can chime in there.</div>
<div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>As for the lack of cavities in your image, did Chimera issue a warning when it computed the surface saying that &quot;[c]alculation of some surface components failed&quot; and that &quot;[a] single component of the surface was calculated&quot;?  If so, that means that calculation of interior cavities failed and Chimera is showing the exterior surface only (which the error message does say if you read it in its entirety).  That would produce the lack of interior cavities you observed.  If you didn&#39;t get such a message, can you supply the PDB ID for this structure (or PDB file) so I can investigate?  Thanks!</div>
<div><br></div><div>--Eric</div><div><br></div><div>
<span style="border-collapse:separate;border-spacing:0px;font-family:Helvetica;font-size:16px"><div style="margin:0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font:16.0px Helvetica"><span>                       <span> </span></span>Eric Pettersen</font></div>
<div style="margin:0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font:16.0px Helvetica"><span>                       <span> </span></span>UCSF Computer Graphics Lab</font></div><div style="margin:0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font:16.0px Helvetica"><span>                        </span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></div>
<br></span>
</div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
</blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br></div>