<div dir="ltr">Thank you so much!!</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, May 29, 2014 at 2:02 AM, Elaine Meng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Adrian,<br>
Yes, but how to do it depends on what exactly you are trying to do. Each file you open becomes a &quot;model&quot; in Chimera, so when you open 2 PDB files, you will have 2 models.<br>
<br>
If you want to make a covalent bond between the models so that their relative positions change, then you would need to use the &quot;Join Models&quot; tab in the Build Structure tool (in menu under Tools... Structure Editing).<br>

&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/editing/editing.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/editing/editing.html</a>&gt;<br>
<br>
Otherwise if you just want to put all the atoms in one PDB file without bonding between the two structures or changing their relative positions:<br>
<br>
(A) You can just write both models to one PDB file without making them into a single model.  It is an option in the Save PDB dialog (menu: File... Save PDB).<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/savemodel.html#pdb" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/savemodel.html#pdb</a>&gt;<br>
<br>
(B) You can merge the 2 models into one model (before saving PDB) using the &quot;copy/combine&quot; function in the Model Panel.  Open the two PDB files in Chimera, then show Model Panel (in menu under Favorites).  In the Model Panel, on the left side click-drag to choose both structures, then click the &quot;copy/combine&quot; button on the right.  There will be a dialog with some options.<br>

&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/modelpanel.html#combine" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/modelpanel.html#combine</a>&gt;<br>
<br>
There is also a &quot;combine&quot; command with the same options, but it may be easier to use the graphical interface mentioned above.<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/combine.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/combine.html</a>&gt;<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On May 28, 2014, at 3:37 PM, Adrian Javaherian wrote:<br>
<br>
&gt; Hi,<br>
&gt; My name is Adrian. I am a graduate student at Bar Ilan University in Israel.  I have 2 pdb files, each containing rRNA sequences and I would like to combine the 2 to make 1 pdb file displaying all of the rRNA subunits.  I download the Chimera program.  Is it possible to do this on your program and if so, can you please tell me how?<br>

&gt; Thank you so much,<br>
&gt; Adrian<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>