<html dir="ltr">

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" id="owaParaStyle"></style>

</head>

<body style="zoom: 1;" fpstyle="1" ocsi="0">

<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">

<div style="direction:ltr; font-family:Tahoma; color:#000000; font-size:10pt">Dear Chimera-users,</div>

<div style="direction:ltr; font-family:Tahoma; color:#000000; font-size:10pt"><br>

  <br>

<div><span style="font-size: 10pt;">I have several cryo-EM maps of an assembly process and a PDB of the final product; what I want to do is to have a visual depiction of how the local EM density around structural elements in the final product changes over time.

  </span><span style="font-size: 10pt;"> After fitting the PDB into the cryo-EM density, I am wondering if it is possible to color the PDB atoms by a reference EM density at each point.  For example, I want to color every residue that intersects isosurface

 == 0 blue, every residue that intersects isosurface == 1 red, and have a continuous color scheme for all intermediate values from (0 to 1).  I already have fitted the PDBs into the cryo-EM maps.  </span><span style="font-size: 10pt;">Is there any easy way

 to do this?</span></div>

<div><br>

</div>

<div>Cheers,</div>

<div>Jonathan Lai</div>

<div>University of Illinois at Urbana-Champaign</div>

</div>

</div>

</body>

</html>