<html>
  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    I'm attempting to transition from Chimera to PyMol and I'm
    struggling to reproduce the results of a visualization script. The
    script maps numeric values onto certain residues in a protein
    structure. Those residues are marked by spheres, and those spheres
    are colored by spectrum according to the residue value. <br>
    <br>
    In PyMol I overwrite the atom bfactors, and then display the CA of
    annotated residues as a sphere, colored by spectrum. The PyMol code
    (post-bfactor overwrite):<br>
    <tt>cmd.show(selection="name CA and br. b
      &gt;%f"%min_score-0.0001,representation="spheres")</tt><tt><br>
    </tt><tt>cmd.spectrum("b","blue_red",selection=include,minimum=min_score,maximum=max_score)</tt><br>
    <br>
    In Chimera I've generated an attribute file, and used defattr to
    assign values to residues. I get the spheres by creating spheres
    centered on the CA atom of the annotated residues:<br>
    <tt>rc("open %(struct_loc)s"%params)</tt><tt><br>
    </tt><tt>rc("defattr %(tempf)s"%params)</tt><tt><br>
    </tt><tt>rc("ribcolor dark grey") # temporary</tt><tt><br>
    </tt><tt>for resi in params['resis']:</tt><tt><br>
    </tt><tt>&nbsp; rc("shape sphere center %s@CA radius 1 color
      grey"%resi[0])</tt><tt><br>
    </tt><tt>rc("rangecolor %(anno)s %(minval)s blue %(maxval)s
      red"%params)</tt><br>
    <br>
    At this point, I can color the residues themselves using their
    attribute values, but I can't color the spheres, because they don't
    contain the information necessary to color them. I've uploaded the
    PyMol and Chimera generated images to imgur here:<br>
    PyMol: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://imgur.com/a/GVfWi#0">http://imgur.com/a/GVfWi#0</a><br>
    Chimera: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://imgur.com/a/GVfWi#1">http://imgur.com/a/GVfWi#1</a><a
      href="http://imgur.com/a/n1PNl#1"><br>
    </a>Any help in reproducing the PyMol image in Chimera would be much
    appreciated. I haven't begun working on orientation (PyMol's
    `orient` equivalent), but any quick tips there would certainly be
    helpful as well.<br>
    <br>
    Thanks!<br>
    Mike<br>
    <br>
  </body>
</html>