<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi,<br><br></div>I have a question regarding structural alignments with Match Maker.<br></div>I would like to know if there is any way to obtain a list of all possible alignment solutions (or a subset) tested by Match Maker, instead of only the "best" one, so that I can further assess the different options manually.<br>
</div><div><br>Specifically I am trying to find an homologous substructure/motif from my template structure within a query structure. The pattern to be searched is rather small as compared to the whole protein and it can be aligned in multiple positions. I would like to assess each of the possibilities more carefully based on the biological knowledge of the protein.<br>
</div><br></div><div>Thank you in advance.<br><br>Best wishes,<br><br></div><div>Anna Hernandez<br></div></div>