<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div>On May 5, 2014, at 1:34 AM, chang YG &lt;<a href="mailto:changyg2008@gmail.com">changyg2008@gmail.com</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Thanks for taking time to answer the questions. Could you advise me of how to save distances using a python script.</div><div><br></div><div>Here is what I have:</div><div><br></div><div>
<div>from chimera import runCommand as rc</div><div>rc("open 1t4y")</div><div>rc("distance :33@H :34@H")</div></div><div>#how to save distance.</div></div></blockquote><div><br></div>Hi Yonggang,</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>There are a few possibilities, but here's what I would do:</div><div><br></div><div>rc("open 1t4y")</div><div>rc("sel :33@H :34@H")</div><div>from chimera.selection import currentAtoms</div><div>a1, a2 = currentAtoms()</div><div>dist = a1.coord().distance(a2.coord())</div><div>from OpenSave import osOpen</div><div>f = open("~/dists", "w")</div><div>print&gt;&gt;f, a1, a2, diet</div><div>f.close()</div><div><br></div><div>The above will write the distance into a file named "dists" in your home directory. &nbsp;Now you obviously probably want to do this for a lot of distances and/or files. &nbsp;You should look at the simple Chimera programming primer for looping through files:</div><div><br></div><div><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ProgrammersGuide/basicPrimer.html">Very Basic Chimera Programming Primer</a></div><div><br><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div>Another related question: how to save "rmsd" of two structures using a python script?</div></div></blockquote><br></div><div>The basic answer is by calling Midas.rmsd(atoms1, atoms2) to get the RMSD and saving that. &nbsp;The issue is how to get the two sets of atoms to send to that command, and that would depend on whether the structures have identical sets of atoms (<i>i.e.</i>&nbsp;they're different conformers), or if you know which atoms to match against which, or whether you need to discover the set of corresponding atoms using MatchMaker. &nbsp;Instead of explaining each in detail (two of which you won't care about), why don't you say which you need and I'll explain that one…</div><div><br></div><div>--Eric</div><br><div apple-content-edited="true">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 16px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>Eric Pettersen</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>UCSF Computer Graphics Lab</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;</span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></p><br class="Apple-interchange-newline"></span>
</div>
<br></body></html>