<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" id="owaParaStyle"></style>
</head>
<body fpstyle="1" ocsi="0">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hi all,
<div><br>
</div>
<div>Can anyone show me a good way to select all residues that are &lt;2 from zinc atoms, then rename any selected CYS and HIS, to CYM and HIN respectively ... I'm trying to write a script to do this on ~300 files.</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks!!</div>
<div>Mike</div>
<div><br>
</div>
<div>Here's what I have so far</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>import os</div>
<div>from chimera import runCommand as rc</div>
<div>from chimera import replyobj</div>
<div><br>
</div>
<div># gather the names of .pdb files in the folder</div>
<div>file_names = [fn for fn in os.listdir(&quot;.&quot;) if fn.endswith(&quot;.pdb&quot;)]</div>
<div><br>
</div>
<div># loop through the files, opening, processing, and closing each in turn</div>
<div>for fn in file_names:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; replyobj.status(&quot;Processing &quot; &#43; fn) # show what file we're working on</div>
<div><br>
</div>
<div>&nbsp; &nbsp; rc(&quot;open &quot; &#43; fn)</div>
<div><br>
</div>
<div>&nbsp; &nbsp; rc(&quot;select :ZNB zr&lt;2&quot;)</div>
<div>&nbsp; &nbsp; rc(&quot;writesel &quot;reslist &#43; fn&quot;)</div>
<div>&nbsp; &nbsp;&nbsp;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; rc(&quot;close all&quot;)</div>
<div><br>
</div>
<div>rc(&quot;stop now&quot;)</div>
</div>
</div>
</body>
</html>