<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Javier,<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>If you are running this script with the Chimera graphical interface showing (i.e. <i>not</i>&nbsp;by running Chimera from a shell command line with the '--nogui' flag), then what's happening is that you are getting the "formal charge confirmation" dialog but since it's not a modal dialog the rest of Chimera keeps running, <i>including</i>&nbsp;your script. &nbsp;So your log_out.mol2 file has already been written (with 0.0 charges for the ligand atoms) before you can even click the OK button on the dialog.</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>So, to get the result you want you either have to run your script in nogui mode, or you have to call the Python addcharge code directly. &nbsp;Here's code that would do that:</div><div><br></div><div>from AddCharge import initiateAddCharges</div><div>initiateAddCharges(method='am1-bcc', nogui=True)</div><div><br></div><div>--Eric</div><div><div><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;Eric Pettersen<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;UCSF Computer Graphics Lab<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a><br><br></div></div><div><div><div>On Apr 21, 2014, at 9:59 AM, <a href="mailto:jiserte@unq.edu.ar">jiserte@unq.edu.ar</a> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">


<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8">
<title></title>

<div style="font-family:Arial;font-size:14px"><p>I'm trying to write a simple python script to open a mol2 file with a ligand, add hydrogens, add charges and write it into another mol2.<br>
The script is this:<br>
-----------------------------------------<br>
<span style="font-family:courier new,courier,monospace;">import chimera&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #1<br>
from chimera import runCommand&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #2<br>
runCommand('open ligands/lig_in.mol2')&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; #3<br>
runCommand('addh')&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #4<br>
runCommand('addcharge')&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #5<br>
runCommand('write format mol2 #0 lig_out.mol2')&nbsp;&nbsp;&nbsp; #6</span><br>
------------------------------------------<br>
The result mol2 file does no contain any charges.<br>
However, if a run another script that is exactly like this but does not contain the last line (#6),&nbsp; and then<br>
execute the command '<span style="font-family:courier new,courier,monospace;">write format mol2 #0 lig_out.mol2'</span> manually, the mol2 file contains charges.<br>
I don't understand why there is a difference with both methods.<br>
best regards.<br>
javier<br>
<br></p>
</div>
_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br></blockquote></div><br></div><br><br></body></html>