<div dir="ltr">Dear Elaine,<div><br></div><div>Thank you for the prompt response.</div><div>I will go through the tutorials and I am sure it will be of great help.</div><div><br></div><div>Thank you.</div><div><br></div><div>
<br></div><div>Best Regards,</div><div><br></div><div>Abisola Abisoye-Ogunniyan</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 15, 2014 at 5:28 PM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Abisola,<br>
You can use the "Find Clashes/Contacts" tool or just a simple distance cutoff to find all the amino acid residues in one protein that are close to another molecule, which could be a small ligand, or another protein, DNA, etc.<br>

<br>
There is an example of using "FindHBond" and "Find Clashes/Contacts" to identify amino acids interacting with a ligand molecule in the "Structure Analysis and Comparison" tutorial:<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/squalene.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/squalene.html</a>><br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/findclash/findclash.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/findclash/findclash.html</a>><br>
<br>
It would be very similar to find the H-bonds and contacts between amino acids and some other kind of molecule (such as another protein), you would just need to select that other molecule instead of the ligand molecule.  I think it will be clearer if you try that tutorial.<br>

<br>
Or, for simple cutoff you can first select one molecule and then use menu: Select... Zone to also select the nearby residues.  Once they are selected, you can do other stuff with the Actions menu like labeling them, or getting a list of them as in the tutorial mentioned above. How to select:<br>

<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/selection.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/selection.html</a>><br>
<br>
There is a more advanced example of using findclash (the command version of Find Clashes/Contacts) to color the atoms involved in a protein-protein interaction in the "Opened Interface" image tutorial:<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/openbook.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/openbook.html</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Apr 15, 2014, at 2:34 PM, Ogunniyan, Abisola wrote:<br>
<br>
> Hi,<br>
> My name is Abisola Abisoye-Ogunniyan, a first year Biology Graduate student in Tuskegee University. I got to learn about the use of Chimera in my Biochemistry Class.<br>
> I have been having difficulty in trying to determine the relevant interacting amino acids between molecules.<br>
> Please, I will really appreciate it if this is made clearer to me.<br>
> Thank You.<br>
> Best Regards,<br>
> Abisola Abisoye-Ogunniyan.<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>