<html><head><style type='text/css'>p { margin: 0; }</style></head><body><div style='font-family: trebuchet ms,sans-serif; font-size: 12pt; color: #000000'><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'trebuchet ms', sans-serif; font-size: 12pt;">Hi George,</div><div id="1dd8e847-90c2-44ab-8a61-50c5fbd9f458" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'trebuchet ms', sans-serif; font-size: 12pt;"><br></div><div id="1dd8e847-90c2-44ab-8a61-50c5fbd9f458" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'trebuchet ms', sans-serif; font-size: 12pt;">You could also try using Avogadro, which allows protonation according to a user defined pH:</div><div id="1dd8e847-90c2-44ab-8a61-50c5fbd9f458"><font face="trebuchet ms, sans-serif">http://avogadro.cc/wiki/Main_Page</font></div><div id="1dd8e847-90c2-44ab-8a61-50c5fbd9f458" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'trebuchet ms', sans-serif; font-size: 12pt;"><br></div><div id="1dd8e847-90c2-44ab-8a61-50c5fbd9f458" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'trebuchet ms', sans-serif; font-size: 12pt;">Best regards,</div><div id="1dd8e847-90c2-44ab-8a61-50c5fbd9f458" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'trebuchet ms', sans-serif; font-size: 12pt;">Chris Wagner</div><br><hr id="zwchr" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'trebuchet ms', sans-serif; font-size: 12pt;"><blockquote style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 12pt; border-left-width: 2px; border-left-style: solid; border-left-color: rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px; font-weight: normal; font-style: normal; text-decoration: none;"><b>From: </b>"Elaine Meng" &lt;meng@cgl.ucsf.edu&gt;<br><b>To: </b>"George Tzotzos" &lt;gtzotzos@me.com&gt;<br><b>Cc: </b>"chimera-users@cgl.ucsf.edu BB" &lt;chimera-users@cgl.ucsf.edu&gt;<br><b>Sent: </b>Friday, April 11, 2014 4:40:56 AM<br><b>Subject: </b>Re: [Chimera-users] Structure editing: addH<br><br>Hi George,<br>Chimera tries to make the protonation reasonable for near-neutral pH, so in general carboxylates would not be protonated. &nbsp;However, if you want to force protonation of such groups, it can be done by changing the atom type of one of the oxygens first.<br><br>Choosing menu item "ActionsĦ­ LabelsĦ­ IDATM Type" shows the atom types, which are described here:<br>&lt;http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/idatm.html&gt;<br><br>Type "O2-" is not going to get protonated. &nbsp;You could change one of the carboxylate oxygens to type O3, which would be protonated. &nbsp;For example, select (Ctrl-click) the oxygen you want to become protonated, then change the type with command:<br><br>setattr a idatmType O3 sel<br><br>&lt;http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/setattr.html&gt;<br>(you would have to re-label for the label to change, but the type has changed)Ħ­ then add hydrogens. &nbsp;Having one oxygen with type O3 and the other with type O2- is inconsistent, so you could change the other to type O2, but it isn't necessary if all you care about is the protonation state.<br><br>Another possibility is to just get this compound from Pub3D, which already has carboxyl groups protonated, e.g. with the Chimera command:<br><br>open pubchem:543977<br><br>&lt;http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.cgi?cid=543977&gt; <br>I hope this helps,<br>Elaine<br>----------<br>Elaine C. Meng, Ph.D. <br>UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>Department of Pharmaceutical Chemistry<br>University of California, San Francisco<br><br>On Apr 10, 2014, at 11:14 AM, George Tzotzos &lt;gtzotzos@me.com&gt; wrote:<br><br>&gt; Hi everybody,<br>&gt; IĦŻve been trying to add hydrogens to a ligand (7-octenoic acid) obtained from docking. Hydrogens are added but not on the carboxyl group.<br>&gt; IĦŻm attaching the ligand.pdb for easy reference. <br>&gt; IĦŻd appreciate any suggestions regarding this behavior<br>&gt; Best regards<br>&gt; George<br><br><br>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br>Chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br></blockquote><br></div></body></html>