<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div>On Apr 5, 2014, at 1:06 PM, Moses Adenaike wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div dir="ltr">Dear Dr. Pettersen,<div>&nbsp; &nbsp;I am wondering how I would go about making a moive detailing a biochemical reaction. For example, I want to show a DNA polymerase reaction, essentially a ligation between the backbone of two nucleotides. How would I go about doing so? I know chimera has a make new bond function but I haven't been too successful at getting that to work.&nbsp;</div></div></blockquote><br></div><div><div>Hi Moses,</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span>It is typically better to send questions like this to the chimera-users mailing list than to me directly so that others can benefit from the answer and in case others on the list have more expertise on the topic than I do.</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span>The simplest method is to decide which frame# you want the bond to start existing and use the "Define script…" entry in MD Movie's Per-Frame menu to define a one-command script to execute at that frame. &nbsp;For example, if you wanted a bond between :337.A@P and :338.A@O3' to exist starting with frame 53, in the Per-Frame dialog you would set "Interpret script as" to "Chimera commands" and enter as your script:</div><div><br></div><div>#53 bond :337.A@P :338.A@O3'</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span>There is also a hidden capability in Chimera to compute all bonds on a per-frame basis. &nbsp;I can tell you how to access that if it turns out you really need it.</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span>However, for the purpose of making a movie it might be nice to have a more "continuous" representation of the bond forming than just the binary on/off that the above approaches give you. &nbsp;I have attached a Python script that you can use the Per-Frame dialog (with "Interpret script as" set to Python, and reading in the script with the "Insert text file…" button) to have a bond form (by starting out very thin and becoming thicker) as two designated atoms approach each other. &nbsp;There are some values at the top of the script that you can edit to make it work best in your situation. &nbsp;There is a distance value for when the bond begins to exist (noBond, default 3.5) and when it reaches full size (fullBond, default 2.0). &nbsp;There is a two-member list of residue IDs (resIDs) for the atoms involved in the bond, and a list of atom names (atomNames). &nbsp;Let me know if you need more help than this.</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span>Hmmm, this all assumes you&nbsp;<i>have</i>&nbsp;a trajectory of the reaction. &nbsp;You may have to use the Morph Conformations tool to create such a trajectory if you don't have one already.</div><div><br></div><div>--Eric</div></div><br><div apple-content-edited="true">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 16px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>Eric Pettersen</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>UCSF Computer Graphics Lab</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;</span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></p><br class="Apple-interchange-newline"></span>
</div>
</body></html>