<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<!--[if !mso]><style>v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style><![endif]--><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Hi Elaine,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Thanks for your reply.&nbsp; I just filed a bug report on this, as per Tom&#8217;s request.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">I should also mention that I did get some result with your version, but not what I expected: essentially a couple of surface blobs, but nothing like your figure.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Anyhow, this seems to be a genuine bug, so I&#8217;ll just hang tight and wait for a fix.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Cheers<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Markus<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> Elaine Meng [mailto:meng@cgl.ucsf.edu]
<br>
<b>Sent:</b> Thursday, March 27, 2014 2:39 PM<br>
<b>To:</b> Markus Heller<br>
<b>Cc:</b> chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>
<b>Subject:</b> Re: [Chimera-users] Binding pocket surface command script not working<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hi Markus,<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">It is a mystery to me&#8230; I tried it in both 1.8.1 and the current pre-1.9 daily build and didn't get the error. &nbsp;I'd say go ahead and submit a report&#8230; we can always close it if it's not reproducible.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">However, the result I got was somewhat ugly because there were several holes in the pocket. &nbsp;I then tried a larger cutoff, as in the folowing:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal">open 2v5z<br>
delete :.b<br>
split atoms :sag<br>
surface<br>
measure contactArea #0.2 #0.1 4 slab -.1,0 color tan<br>
measure contactArea #0.2 #0.1 3.99 slab -.11,-.01 color cornflowerblue<br>
~surf #0<br>
~disp; ~ribbon; disp :sag<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">sop hideDust #1,2 size 1 metric sizeRank<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">which I think got rid of as many of the holes as reasonably possible, but there were still a couple of ugly places that might be surface calculation artifacts: &nbsp;where the blue shows through the tan near the middle of the attached image,
 and the little funnel on the upper right. &nbsp;There is a small opening through the funnel, so I'm not sure whether it's an artifact or the actual shape of the pocket. This general process would be expected to make a better-looking figure for pockets with fewer
 openings.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">This pocket could alternatively be considered one large pocket containing both the SAG and FAD. &nbsp;For example, in a separate Chimera session I tried:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">open castp:2v5z<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">which reports the two largest pockets as the SAG/FAD pockets of the A and B chains, respectively. &nbsp;If you are using the &quot;measure contactArea&quot; approach to get the appearance of different inside and outside pocket colors as shown in the image
 gallery figure, it could be done for this collective pocket with &quot;split atoms :sag,fad&quot; (well, assuming you didn't get that mysterious error again!). &nbsp;Sorry for the weirdness,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Elaine<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.&nbsp;<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
<img width="450" height="272" id="_x0033_e52793a-6be4-4ca5-9ab9-73f9a98baed4" src="cid:image001.png@01CF4A77.ED08BC10"><o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><br>
On Mar 27, 2014, at 1:05 PM, Markus Heller &lt;<a href="mailto:mheller@cdrd.ca">mheller@cdrd.ca</a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hello,<br>
&nbsp;<br>
I&#8217;m trying to reproduce the Binding Pocket Surface image from the Gallery with a different pdb file.<br>
&nbsp;<br>
I can successfully reproduce with the pdb used in the example (2zcp), but not with 2v5z. &nbsp;Running latest Chimera.<br>
&nbsp;<br>
Steps to reproduce:<br>
&nbsp;<br>
open 2v5z<br>
delete :.b<br>
split atoms :sag<br>
surface<br>
measure contactArea #0.2 #0.1 3 slab -.1,0 color tan<br>
&nbsp;<br>
gives an error:<br>
&nbsp;<br>
error: Array must be 2-dimensional, got 1-dimensional<br>
&nbsp;<br>
&nbsp;<br>
&nbsp; File &quot;C:\Program Files\Chimera 1.8.1\share\MeasureVolume\__init__.py&quot;, line 60, in surface_area<br>
&nbsp; &nbsp; area = surface_area(varray, tarray)<br>
&nbsp;<br>
See reply log for Python traceback.<br>
&nbsp;<br>
Why, and would it be helpful to file a bug report?<br>
&nbsp;<br>
Thanks and Cheers<br>
Markus<br>
&nbsp;<br>
--<br>
Markus Heller, Ph.D.<br>
NMR Scientist<br>
CDRD - The Centre for Drug Research and Development<br>
2405 Wesbrook Mall, Fourth Floor | Vancouver, BC &nbsp;V6T 1Z3 | Main: (604) 827-1147<br>
Direct: (604) 827-1122 | F: (604) 827-1299 | E:&nbsp;<a href="mailto:mheller@cdrd.ca">mheller@cdrd.ca</a>&nbsp;|&nbsp;<a href="http://www.cdrd.ca">www.cdrd.ca</a><br>
&lt;image007.png&gt;<br>
&nbsp;<br>
&nbsp;<br>
&nbsp;<br>
&nbsp;<br>
<br>
Follow us:&nbsp;&lt;image003.jpg&gt;&nbsp;&lt;image004.jpg&gt;&nbsp;&lt;image005.png&gt;&nbsp;&lt;image006.png&gt;<br>
&nbsp;<br>
This email and any files transmitted with it are confidential and intended solely for the addressee. &nbsp;If you are not the named addressee you should not disseminate, distribute, copy, or alter this&nbsp;email.<br>
&nbsp;<br>
&nbsp;<br>
_______________________________________________<br>
Chimera-users mailing list<br>
<a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
</div>
</body>
</html>