<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi Elaine,&nbsp; Eric,<br><br></div>many thanks for suggestions!<br><br></div><div>This time I&#39;d like just visualize water influx into the protein interior seen during molecular dynamics trajectory. <br>
</div>Previously I did such analysis in VMD but due to some problems with understanding of Chimera&#39;s selection lets consider my example more closely here. <br><br></div>E.g I&#39;ve defined some geometrical center (specifying some residue which is situated within of my protein interior) and than would like to (1) select all water within 5 A of this residue and (2)&nbsp; using MD movie plugin make such selection in each trajectory frame and visualize it along with the cartoon representation of my protein only (hiding all another solvent). I&#39;ll be thankful if you provide me with some example of such task.<br>
<br><br></div>James<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2014-03-18 4:08 GMT+04:00 Eric Pettersen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span>:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">One related idea is to use &quot;Actions-&gt;Hold Selection Steady&quot; to try to hold the water channel as steady as possible and then select the waters and use &quot;Analysis-&gt;Calculate occupancy&hellip;&quot; to calculate a volumetric density of the waters inside the channel. &nbsp;The values of the density will vary from 0 to N, where N is the number of frames, so you can vary the volume threshold to see where the high vs. low occupancy areas are.<br>

<br>
--Eric<br>
<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Eric Pettersen<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; UCSF Computer Graphics Lab<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.cgl.ucsf.edu" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu</a><br>
<div class=""><br>
On Mar 17, 2014, at 4:33 PM, Elaine Meng wrote:<br>
<br>
&gt; Hi James,<br>
&gt; You *could* calculate a molecular surface at each frame (which would have the by-product of calculating SASAs and SESAs), but that is different than actually counting how many waters are in the channel. &nbsp;It depends which of those things you actually want.<br>

&gt;<br>
&gt; The SASA calculation includes per-atom and per-residue values, but unless you have some idea of what to use as a proxy for channel state (e.g. when residue X has SASA &gt; N it means the channel is open), I&#39;m not sure what you would do with them. &nbsp;Once you had decided on some SASA or SESA-related proxy, its value could certainly be reported (e.g. written to Reply Log or file) at each frame.<br>

&gt;<br>
&gt; However, the molecular surface calculation sometimes fails, especially for larger and more complicated structures, so it might not be available for every single frame.<br>
&gt;<br>
&gt; The other approach is to try to actually count the waters in the channel at each frame. &nbsp;It would require figuring out some geometric criterion such as &quot;all waters within N angstroms of atom X&quot; (or some set of atoms or residues). &nbsp;Once you had determined such a specific criterion you could use it as a selector, and then tally up how many water residues are selected at each frame.<br>

&gt;<br>
&gt; Either way, it would require a little Python scripting to report the surface area of interest or to select waters and report how many are selected, with trajectory playback in MD Movie:<br>
&gt; &lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/movie/framemovie.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/movie/framemovie.html</a>&gt;<br>
&gt; &lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/movie/movie.html#per-frame" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/movie/movie.html#per-frame</a>&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; &hellip; or in the context of a Chimera command script with playback using the &quot;coordset&quot; command:<br>
&gt; &lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/coordset.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/coordset.html</a>&gt;<br>
&gt; &lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/perframe.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/perframe.html</a>&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Best,<br>
&gt; Elaine<br>
&gt; ----------<br>
&gt; Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
&gt; UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
&gt; Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
&gt; University of California, San Francisco<br>
&gt;<br>
</div><div class="">&gt; On Mar 17, 2014, at 3:21 AM, James Starlight wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;&gt; Dear Chimera users!<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; I&#39;ve performed md simulation of water soluble protein having<br>
&gt;&gt; water-assessable channel in its interior. I&#39;d like to perform analysis<br>
&gt;&gt; of average number of water molecules detected within the protein<br>
&gt;&gt; interior during MD trajectory with the possible visualization of such<br>
&gt;&gt; internal water binding sites. Does SASA calculation which I&#39;ve seen in<br>
&gt;&gt; vmd could provide me with additional insights? I&#39;d be thankful if you<br>
&gt;&gt; provide me with some Chimera tools suitable for such task.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Many thanks for help,<br>
&gt;&gt; James<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
</div>&gt; _______________________________________________<br>
&gt; Chimera-users mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
&gt; <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
</blockquote></div><br></div>