<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Julien,<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>From the image you sent it seems that you're working on a Mac. &nbsp;Maybe this will work for you, it worked for me:</div><div><br></div><div>open 3u5e</div><div>open 3u5d</div><div>surfcat c1 :.1 &amp; ~:ohx</div><div>surf c1</div><div><br></div><div>It takes awhile to compute the surface and fails to compute interior voids, but the main outside surface shows.</div><div><br></div><div>--Eric</div><div><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;Eric Pettersen<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;UCSF Computer Graphics Lab<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a><br><br><div><div>On Mar 11, 2014, at 10:22 AM, Elaine Meng &lt;meng@cgl.ucsf.edu&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Julian,<div>That image is too small to read, but I'm sure it is the same type of error we were discussing earlier.&nbsp;</div><div><br></div><div>I guess you didn't try #3 in "surface calculation failures and workarounds" because the "molmap" method always works.</div><div>&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/surfprobs.html">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/surfprobs.html</a>&gt;</div><div><br></div><div>For example, I opened 3u5e and 3u5d. &nbsp;I could see chain 1 included some RNA + a bunch of osmium hexammine (OHX) residues. &nbsp;I thought you probably didn't want the OHX included in the surface, so the molmap command could be something like this</div><div><br></div><div>molmap &nbsp;:.1&amp;~:ohx &nbsp;5</div><div><br></div><div> where the specifier means chain 1 AND NOT residue OHX. &nbsp;See result in attached image. To use all of chain 1 (but again, I don't think that is what you want) it would just be</div><div><br></div><div>molmap &nbsp;:.1 &nbsp;5</div><div><br></div><div>The 5 is the resolution of the surface, but you might want to try other values. &nbsp;There are also other parameters like gridspacing that will affect the appearance of the surface. &nbsp;See the molmap man page:</div><div>&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/molmap.html">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/molmap.html</a>&gt;</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Elaine<br><div>----------<br>Elaine C. Meng, Ph.D.&nbsp;<br>UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>Department of Pharmaceutical Chemistry<br>University of California, San Francisco</div><div><br></div><div><span>&lt;molmap5.png&gt;</span><br><br>On Mar 11, 2014, at 8:25 AM, Julian Marzi &lt;<a href="mailto:julian.marzi@googlemail.com">julian.marzi@googlemail.com</a>&gt; wrote:</div><br><blockquote type="cite">Dear Elaine Meng,<br>I tryed the surface option in different pdb files (also the 50S of E.coli) and always the same error (code 11- see attached). I also tried the different option of the&nbsp;webpage (Surface calculation failures and workaround).<br>I would like to have the surface structure of the chain 1 (25S of the yeast ribosome). Now I use the pdb file 3U5E and 3U5D. Please can you help me. Chimera is&nbsp;such a beautiful program and it always looks good, but in the most publication the surface structure is built up.&nbsp;<br>Thank you<br>Best regards<br>Julian&nbsp;<br><br><span>&lt;PastedGraphic-1.png&gt;</span><br>Am 06.03.2014 um 19:20 schrieb Elaine Meng &lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;:<br><br><blockquote type="cite">Dear Julian,<br>The surface failure is a numerical thing that may differ on different machines, and there is not a consistent recipe for how to solve the problem. &nbsp;Please see this&nbsp;page on possible solutions, including showing some alternative types of surface instead of a "molecular" surface:<br><br>&lt;http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/surfprobs.html&gt;<br><br>I hope this helps,<br>Elaine<br>----------<br>Elaine C. Meng, Ph.D.&nbsp;<br>UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>Department of Pharmaceutical Chemistry<br>University of California, San Francisco<br><br>On Mar 4, 2014, at 3:31 AM, Julian Marzi &lt;julian.marzi@googlemail.com&gt; wrote:<br><br><blockquote type="cite">Dear Chimera,<br>I try to show the surface of the 60S in yeast (PDB: 3O5H), but it doesn't work. Mscalc returned code 11 is shown. If I split the 60S every chain show the&nbsp;surface except the first strain (25S). How can I show the surface from the first chain?<br>Thank you very much<br>Best regards<br>Julian Marzi<br></blockquote></blockquote></blockquote><br></div></div>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br>Chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br></blockquote></div><br></div><br><br><div apple-content-edited="true">
</div>
<br></body></html>