<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Amin,<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>I'm not sure why you care which side moves, but by default the "smaller" side moves. &nbsp;So if the residue is near the N terminus then the N-terminal part will move, if it's near the C terminus then the C-terminal side will move. &nbsp;Unless these changes are relative to some other structure, it shouldn't matter which side "moves"; the resulting conformation is the same either way.</div><div><br></div><div>--Eric</div><br><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;Eric Pettersen<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;UCSF Computer Graphics Lab<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a><br><br></div><div><br><div><div>On Feb 8, 2014, at 8:33 PM, amin wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">
<div style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif"><p>Dear Dr. Pettersen and Dr. Meng,</p><p>Thanks for the suggestion. I tried the simpler scripts and they work. But I am not sure that what atoms are moved when I set res.phi = -res.phi. The earlier script had set anchor residues to solve this problem. Can you please guide me on how to use anchor residues on newer versions of chimera?</p><p>Warm Regards.</p><p>Amin.</p><div>&nbsp;<br class="webkit-block-placeholder"></div><p>On 2014-02-09 07:44, Eric Pettersen wrote:</p>
<blockquote type="cite" style="padding-left:5px; border-left:#1010ff 2px solid; margin-left:5px"><!-- html ignored --><!-- head ignored --><!-- meta ignored -->Hi Amin,
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>As Elaine alluded to, the code for changing phi/psi is a lot simpler than what was necessary in 2005. &nbsp;In particular you can just assign a value to the phi or psi attribute to change it. &nbsp;Therefore in your script, the loop would just be:</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>for res in mol.residues:</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>if res.phi is not None:</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>res.phi = -res.phi</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>--Eric</div>
<div>&nbsp;</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>Eric Pettersen</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>UCSF Computer Graphics Lab</div>
<div><br>
<div>
<div>On Feb 8, 2014, at 11:03 AM, <a href="mailto:amin@imtech.res.in">amin@imtech.res.in</a> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite" style="padding-left:5px; border-left:#1010ff 2px solid; margin-left:5px">
<div style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif;"><p>Dear Chimera users,</p><p>I am trying to write a script to change the phi and psi angle of a peptide. I am trying to adapt the code from&nbsp;<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2005-September/000456.html">http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2005-September/000456.html</a> . I am trying to invert the angles so I am multiplying the angles by -1. My code is&nbsp;</p><p>import chimera</p><p><span>from chimera import selection, UserError, BondRot, replyobj</span></p><p>opened = chimera.openModels.open('fun.pdb')<br>mol = opened[0]<br>RES_LIST = mol.residues<br>for res in mol.residues:<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; b = str(res.phi)<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; if b != 'None':<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;c = -1*float(b) <br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;atomsMap = res.atomsMap<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;N = atomsMap['N'][0]<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CA = atomsMap['CA'][0]<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C = atomsMap['C'][0]<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CAmap = CA.bondsMap<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;phiBond = CAmap[N]<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;psiBond = CAmap[C]<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;phiAnchor = N<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;psiAnchor = CA<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;phi = BondRot(phiBond)<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;phi.setAngle(c, phiAnchor)</p><p>When I run this script i get the error&nbsp;</p><p>phi.setAngle(c, phiAnchor)<br>AttributeError: '_molecule.BondRot' object has no attribute 'setAngle'</p>
<div>&nbsp;</div><p>Can someone please help me with this?</p><p>Warm regards.</p><p>Amin.</p>
<div>&nbsp;</div>
</div>
_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a></blockquote>
</div>
</div>
</blockquote><div>&nbsp;<br class="webkit-block-placeholder"></div>
<div>&nbsp;</div>
</div>
</blockquote></div></div><br></body></html>