<div dir="ltr">Dear Elaine,<div>        Thank you for the detailed explanation but I think my previous query was not sufficiently clear. What I am trying to do is to insert an external protein molecule of 173 amino acids to another protein&#39;s loop region. In simple words, I want to remove 3 amino acids from one protein and there I want to place/insert another protein of 173 amino acids. So, can you suggest me whether your previous suggestion will be helpful for doing this or I have to do something else. Please let me know.</div>
<div><br></div><div>Thanking you,</div><div>Regards</div><div>Aditya. </div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Feb 5, 2014 at 11:02 PM, Elaine Meng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Aditya,<br>
I&#39;m not sure I understand the details of what you are doing, but in more simple terms, sounds like you want to (1) delete part of one protein and (2) move one protein into a certain position relative to the other protein.<br>

<br>
For deleting, you can just select some residues and then use the menu (Actions... Atoms/Bonds... delete) or specify the residues to be deleted directly in a command, e.g.: delete #0:10-15<br>
(delete residues 10-15 in model #0)<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/editing/editing.html#deletion" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/editing/editing.html#deletion</a>&gt;<br>
<br>
Just be aware that deleting is irreversible except by re-opening the original structure.  An alternative is to just undisplay that part.<br>
<br>
There are many ways to select, including with Ctrl-drag in the Chimera window or showing Sequence (in Favorites menu) and selecting the residues from the sequence view.<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/selection.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/selection.html</a>&gt;<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/multalignviewer/framemav.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/multalignviewer/framemav.html</a>&gt;<br>
<br>
For moving one protein relative to another, that can be done by &quot;deactivating&quot; (freezing) one structure and moving the other, alternating with activating and moving both at the same time. It can be time-consuming.  See the &quot;A&quot;ctive checkboxes in the Model Panel (in Favorites menu).<br>

&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/mouse.html#activedef" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/mouse.html#activedef</a>&gt;<br>
<br>
If/when you have the proteins in the desired positions relative to each other, you can save coordinates of one protein model &quot;relative to&quot; the other, or save coordinates of both models either transformed or relative to the same model.<br>

&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/savemodel.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/savemodel.html</a>&gt;<br>
<br>
I hope this helps,<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div><div class="h5"><br>
On Feb 5, 2014, at 5:00 AM, Aditya Padhi wrote:<br>
<br>
&gt; Dear All,<br>
&gt;         I want to place a protein molecule (appx. 20 kDa in size) into a viral capsid loop region which is about 7 amino acid long. What I want to do is to remove the 5 amino acids out from the loop region and place the 20 kDa protein, so that the loop region can accommodate the 20 kDa protein. I am finding it difficult as the co-ordinates of both the molecules are different.<br>

&gt;<br>
&gt; Although, this is not related to MD simulation or associated stuff, it would be grateful if I can get some suggestions.<br>
&gt; Thanking you,<br>
&gt; Regards<br>
&gt; Aditya.<br>
</div></div>&gt; _______________________________________________<br>
&gt; Chimera-users mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
&gt; <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>********************************************<br>Aditya Kumar Padhi<br>Ph.D Scholar<br>School of Biological Sciences (SBS)<br>Indian Institute of Technology Delhi<br>
New Delhi-110016, India<br>Contact no:+91-9711539958<br>********************************************
</div>